ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ....................................................................... 12
1.1 Критерии синдрома Ли-Фраумени............................................................. 12
1.2 Интерпретация вариантов наследственных мутаций TP53.................. 16
1.3 Оценка риска и пенетрантность................................................................. 17
1.4 Эпидемиология СЛФ .................................................................................... 17
1.5 Деление пациентов на возрастные группы .............................................. 18
1.6 BRCA1/2-ассоциированный РМЖ и СЛФ ................................................ 19
1.7 Влияние радио- и химиотерапии на развитие последующих
первичных опухолей ........................................................................................... 20
1.8 Протоколы наблюдения ............................................................................... 21
1.9 Применение препаратов гадолиния........................................................... 22
1.10 Структура гена TP53 ................................................................................... 23
1.11 Функции гена TP53...................................................................................... 26
1.11.1 Сохранение и потеря свойств белка дикого типа.............................. 26
1.11.2 Доминантно-негативный эффект ........................................................ 29
1.11.3 Приобретение новой функции ............................................................ 30
1.11.4 Чувствительность к изменению температуры................................... 31
1.12 Влияние мутаций с эффектами LOF, DNE и GOF на экспрессию
TP53 при помощи MDM2.................................................................................... 31
1.13 Проявление эффекта GOF, LOF, DNE в зависимости от вида генной
мутации.................................................................................................................. 33
1.14 Модификаторы СЛФ .................................................................................. 35
1.15 Тканевая специфичность ........................................................................... 37
1.16 Мозаичные мутации.................................................................................... 38
1.17 Структура синдрома Ли-Фраумени......................................................... 42
3
1.17.1 Общие положения ................................................................................... 42
1.17.2 Возрастная группа 0-15 лет .................................................................... 43
1.17.3 Возрастная группа 16-50 лет .................................................................. 48
1.17.4 Возрастная группа старше 50 лет .......................................................... 54
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ .............................................................. 58
2.1 План работы и общее описание дизайна исследования......................... 58
2.2. Материалы..................................................................................................... 60
2.2.1 Коллекция образцов .................................................................................. 60
2.2.2 Обоснование выбора образцов в отдельных локализациях.................. 60
2.2.3 Подход к диагностике наследственных мутаций................................... 62
2.3 Методы исследования............................................................................... 64
2.3.1 Диагностические методики в исследовании .......................................... 64
2.3.2 Выделение ДНК из цельной крови.......................................................... 64
2.3.3 Этапы метода NGS .................................................................................... 65
2.3.4 Обоснование выбора панели обогащения при помощи гибридизации
ДНК с зондами.................................................................................................... 66
2.3.5 Синтез биотинилированных зондов для ДНК-библиотек..................... 69
2.3.6 Выделение ДНК для апробации............................................................... 73
2.3.7 Исключение «частых» мутаций в генах BRCA1/2 ................................. 74
2.4 Статистическая обработка полученных результатов............................ 80
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ...................................................................................... 81
3.1 Дизайн и синтез гибридизационной NGS-панели обогащения ............ 81
3.2 Апробация протокола секвенирования с использованием
синтезированных зондов .................................................................................... 82
3.3 Исследование коллекции образцов по возрастным группам............... 87
3.3.1 Возрастная группа 0-15 лет ...................................................................... 87
3.3.2 Возрастная группа 16-50 лет .................................................................... 87
3.3.3. Возрастная группа старше 50 лет ........................................................... 89
4
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ ПОЛУЧЕННЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ..................... 90
4.1 Общая характеристика TP53-ассоциированных РМЖ ......................... 90
4.2 Совпадающий с модифицированными критериями Шомпре случай
РМЖ ....................................................................................................................... 90
4.3 Несовпадающие с модифицированными критериями Шомпре случаи
РМЖ ....................................................................................................................... 90
4.4 Пациенты с первично множественными злокачественными
опухолями.............................................................................................................. 92
4.5 Распределение обнаруженных мутаций в доменах белка ..................... 93
4.6 Сопоставление вклада BRCA1/2- и TP53-ассоциированных РМЖ ..... 93
4.7 Распространенность СЛФ у пациентов с ПМЗО и возможности
диагностики нетипичных случаев ................................................................... 94
4.8 Распространенность СЛФ у пациентов с глиобластомой ..................... 95
4.9 Пенетрантность мутаций и аллельная гетерогенность......................... 95
4.10 Возможные de novo мутации ..................................................................... 99
ЗАКЛЮЧЕНИЕ..................................................................................................... 100
ВЫВОДЫ................................................................................................................ 100
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ............................................................ 101
ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ ........................................................ 101
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ ................................................................................. 102
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ................................................................................... 104
ПРИЛОЖЕНИЕ А................................................................................................. 117
ПРИЛОЖЕНИЕ Б................................................................................................. 118
ПРИЛОЖЕНИЕ В................................................................................................. 121
