ВВЕДЕНИЕ............................................................................................................ 5
ГЛАВА 1. НОВАЯ КОРОНАВИРУСНАЯ ИНФЕКЦИЯ: ПАТОГЕНЕЗ
И МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ (ЛИТЕРАТУРНЫЙ
ОБЗОР) ........................................................................................................... 15
1.1 Патогенез COVID-19 .................................................................................. 15
1.2 Формирование иммунитета к SARS-CoV-2 ............................................. 19
1.2.1 Врожденный иммунитет в борьбе с SARS-CoV-2 ............................... 19
1.2.2 Приобретенный иммунитет к SARS-CoV-2 ......................................... 22
1.3 Роль главного комплекса гистосовместимости класса 1 в формировании
противовирусного иммунитета...................................................................................... 29
1.4 Роль микроРНК в противовирусном иммунитете ................................... 32
1.5 Молекулярно-генетические особенности SARS-CoV-2 .......................... 40
1.6 Факторы прогноза тяжести течения COVID-19....................................... 46
1.6.1 Демографические факторы риска.......................................................... 48
1.6.2 Метаболические заболевания ................................................................ 49
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ ................... 52
2.1 Программа исследования ........................................................................... 52
2.2 Методы исследования................................................................................. 59
2.2.1 Пациенты ................................................................................................. 59
2.2.2 Выделение ДНК ...................................................................................... 59
2.2.3 Подготовка библиотек для секвенирования генов ГКГС ................... 59
2.2.4 Секвенирование....................................................................................... 60
2.2.5 Определение генотипа ГКГС- I по данным секвенирования.............. 60
2.2.6 Определение профиля микроРНК ткани лёгких.................................. 60
2.2.7 Забор образцов для генотипирования вируса SARS-CoV-2 ............... 61
2.2.8 Подготовка библиотек и секвенирование РНК SARS-CoV-2 ............. 61
2.2.9 Определение варианта SARS-CoV-2 ..................................................... 62
2.2.10 Оценка количества клеток, секретирующих IFN-γ .............................. 63
3
2.2.11 Прогноз аффинности взаимодействия молекула ГКГС-I – пептид ... 65
2.3 Методический опыт оценки роли циркулирующих микроРНК............. 69
2.3.1 Профиль микроРНК плазмы.................................................................. 69
2.3.2 Профиль микроРНК плазмы, ассоциированных с гемолизом............ 70
2.3.3 Взаимосвязь уровня циркулирующих в плазме крови микроРНК с их
экспрессией в ткани ........................................................................................................ 73
2.4 Статистическая обработка данных............................................................ 77
ГЛАВА 3. ВЗАИМОСВЯЗЬ ГКГС-I С ТЯЖЕСТЬЮ COVID-19............ 78
ГЛАВА 4. ВЛИЯНИЕ НА ТЯЖЕСТЬ ТЕЧЕНИЯ COVID-19
РАЗЛИЧНЫХ ВАРИАНТОВ ВИРУСА SARS-COV-2 ........................................... 81
4.1 Взаимосвязь прогноза течения COVID-19 с мутациями белка NS8
SARS-CoV-2 в зависимости от штаммовой принадлежности вируса ....................... 81
4.2 Особенности генотипа ГКГС-I пациентов в первую и третью волну
COVID-19 ....................................................................................................................... 85
4.3 Особенности презентации пептидов вариантов Омикрон BA.1–BA.5
вируса SARS-CoV-2 молекулами ГКГС ..................................................................... 102
4.4 Оценка влияния мутаций на иммунодоминантные эпитопы вируса
SARS-CoV-2 .................................................................................................................. 106
ГЛАВА 5. РОЛЬ МИКРОРНК В РЕГУЛЯЦИИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ
ВИРУСА И МАКРООРГАНИЗМА.......................................................................... 113
5.1 Мутации SARS-CoV-2 приводят к снижению числа регионов
связывания с микроРНК ткани лёгких........................................................................ 113
5.2 Влияние микроРНК на экспрессию рецептора ACE2 ........................... 119
5.2.1 Профили экспрессии ACE2 и TMPRSS2 в разных органах ............... 120
5.2.2 Взаимодействия между изо-микроРНК и ACE2/TMPRSS2............... 121
5.2.3 Лизин-специфическая деметилаза 5B регулирует ACE2 и TMPRSS2
посредством репрессии активности let-7e/miR-125a и miR-141/miR-200 ............... 123
5.2.4 Экспрессия JARID1B ассоциирована с экспрессией ACE2 и
TMPRSS2 в большинстве клеток человека ................................................................ 124
4
5.3 Роль циркулирующей микроРНК miR-19b в прогнозе исхода COVID-19
..................................................................................................................... 129
ГЛАВА 6. РАЗРАБОТКА И ПРОВЕРКА КЛИНИЧЕСКОЙ
ЗНАЧИМОСТИ ПАТОГЕНЕТИЧЕСКИ ОБОСНОВАННОГО АЛГОРИТМА
ДИАГНОСТИЧЕСКИХ МЕРОПРИЯТИЙ ДЛЯ ПРОГНОЗА ТЯЖЕЛОГО И
КРАЙНЕ ТЯЖЕЛОГО ТЕЧЕНИЯ COVID-19 НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА
ГЕНОТИПА ГКГС-I ................................................................................................... 136
ЗАКЛЮЧЕНИЕ................................................................................................. 142
ВЫВОДЫ ........................................................................................................... 148
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ ....................................................... 150
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ............................................................................. 151
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ..................................... 156
ПРИЛОЖЕНИЕ А ............................................................................................ 202
