ВВЕДЕНИЕ……………………………….……………………....................... 6
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ………………………………………… 22
1.1 Нарушения обмена липидов ……………………………………………... 23
1.2 Молекулярно-генетические основы развития гиперлипидемии………. 26
1.3 Роль генов ABCA1, APOA1, APOB, APOC3, APOE, CETP, CLPS, LDLR,
LPL, SCARВ1 и SREBF2 в липидном обмене………………………………..
27
1.3.1 Ген ABCA1 ……………………………………………………………… 27
1.3.2 Ген APOA1 ……………………………………………………………………… 30
1.3.3 Ген APOB ……………………………………………………………………….. 35
1.3.4 Ген APOC3 …………………………………………………………………….. 37
1.3.5 Ген APOE ……………………………………………………………………… 38
1.3.6 Ген CETP ………………………………………………………………………. 43
1.3.7 Ген CLPS ……………………………………………………………………… 44
1.3.8 Ген LDLR …………………………………………………………………….. 44
1.3.9 Ген LPL ……………………………………………………………………… 46
1.3.10 Ген SCARВ1 ……………………………………………………………….. 47
1.3.11 Ген SREBF2 ……………………………………………………………….. 48
1.4 Генетические детерминанты субфракций липопротеинов низкой
плотности ……………………………………………………………………..
49
1.5 Семейная гиперхолестеринемия………………………………………… 51
1.6 Методы высокотехнологичного секвенирования в изучении
молекулярно-генетических детерминант гиперхолестеринемии ………….
62
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ…………… 65
2.1 Общая характеристика обследованных групп ………………………….. 65
2.1.1 Популяционная группа взрослого населения г. Новосибирска
(Западная Сибирь, Россия) ……………………………………………………
67
3
2.1.2 Выборка для прямого автоматического секвенирования промотора и экзонов гена LDLR ……………………………………………………………..
70
2.1.3 Группа пациентов с семейной гиперхолестеринемией ……………….
71
2.1.4 Выборка лиц с коронарным атеросклерозом …………………………
75
2.2 Гистологическое исследование фрагментов атеросклеротических бляшек …………………………………………………………………………
76
2.3 Исследование субфракционного профиля частиц липопротеинов низкой плотности………………………………………………………………
78
2.4. Молекулярно-генетические методы исследования……………………
78
2.4.1 Выделение ДНК и РНК………………………………………………….
79
2.4.2 Генотипирование однонуклеотидных полиморфизмов генов липидного обмена…………………………………………………………….
81
2.4.3 Прямое автоматическое секвенирование гена LDLR………………….
82
2.4.4 Таргетное высокопроизводительное секвенирование генов липидного обмена………………………………………………………………………….
83
2.4.5 MLPA анализ у пациентов с семейной гиперхолестеринемией………
84
2.4.6 Полногеномное секвенирование ДНК в группе пациентов с фенотипом семейной гиперхолестеринемии ………………………………..
85
2.4.7 Полноэкзомное секвенирование ДНК в группе пациентов с коронарным атеросклерозом…………………………………………………
86
2.4.8 Полногеномное секвенирование РНК в группе пациентов с коронарным атеросклерозом…………………………………………………
87
2.5 Статистический анализ……………………………………………………
88
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ…………………………….
90
3.1 Распространенность аллелей и генотипов однонуклеотидных вариантов в генах, ассоциированных с развитием гиперхолестеринемии, в популяционной группе Западной Сибири ………….......................................
90
4
3.2 Результаты анализа спектра вариантов гена LDLR в популяционной группе с гиперхолестеринемией и группе с нормальными и низкими значениями ОХС………………………………………………………………
98
3.3 Анализ ассоциации вариантов генов липидного метаболизма с рядом биохимических показателей крови……………………………………………
102
3.3.1 Варианты rs429358 и rs7412 гена APOE………………………………
102
3.3.2 Вариант rs708272 гена CETP…………………………………………..
105
3.3.3 Вариант rs320 гена LPL …………………………………………………
108
3.3.4 Вариант rs5888 гена SCARB1……………………………………………
109
3.4 Генетические компоненты формирования промежуточных фракций липопротеинов низкой плотности ……….…..………………………………
111
3.5 Анализ генов, ассоциированных с семейной гиперхолестеринемией, методами высокопроизводительного секвенирования и мультиплексной амплификации лигазно-связанных проб ……………………………………..
116
3.5.1 Редкие варианты в гене LDLR у пациентов с семейной гиперхолестеринемией…………………………………………………………
117
3.5.2 Клинические случаи: компаунд гетерозиготы в гене LDLR…………
119
3.5.3 Клинический случай: редкий вариант в регуляторном районе гена LDLR…………………………………………………………………………
120
3.5.4 Клинический случай: диагностика гетерозиготной формы семейной гиперхолестеринемии в молодом возрасте …………………………………
122
3.5.5 Определение делеций и дупликаций в гене LDLR методом мультиплексной амплификации лигазно-связанных проб (MLPA)…………
124
3.5.6 Редкие варианты в гене APOB у пациентов с семейной гиперхолестеринемией ………………………………………………………..
125
3.5.7 Варианты в гене PCSK9 …………………………………………………
127
3.5.8 Варианты в гене LDLRAP1 ……………………………………………
129
3.5.9 Редкие варианты в генах ABCG5, APOC3, LPL, SREBF1 у пациентов с семейной гиперхолестеринемией …………………………………………
129
5
3.5.10 Результаты полногеномного секвенирования ДНК в группе пациентов с фенотипом семейной гиперхолестеринемии ………………….
131
3.6 Анализ генов липидного обмена у пациентов с коронарным атеросклерозом с использованием методов высокопроизводительного секвенирования ……………………………………………………………
135
3.6.1 Полноэкзомное секвенирование ДНК пациентов с коронарным атеросклерозом ……………………………………………………………..
135
3.6.2 Полногеномное секвенирование РНК стабильной атеросклеротической бляшки фиброзного типа и нестабильной атеросклеротической бляшки дистрофически-некротического типа………
137
ЗАКЛЮЧЕНИЕ .............................................................................................
144
ВЫВОДЫ .........................................................................................................
163
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ ……………..................................
165
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ .........................................................................
166
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ…………………………………………………
169
СПИСОК ИЛЛЮСТРАТИВНОГО МАТЕРИАЛА……………………
211
ПРИЛОЖЕНИЕ А………………………………………………………….
214
