ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ...................................................................................................................8
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ..........................................................................36
1.1 Микробиота организма человека и ее роль в формировании
здоровья ................................................................................................36
1.1.1 Основные закономерности формирования микробиоты
и ее значение для человека........................................................36
1.1.2 Биопленки как форма существования микробного
сообщества..................................................................................40
1.1.3 Ось кишечник-мозг и роль микробиоты
в нейротрансмиссии...................................................................41
1.1.4 Формирование патомикробиоценоза.......................................43
1.2 Микробиота полости рта......................................................................46
1.2.1 Микробиота полости рта и ее ключевая роль в организме
человека.......................................................................................46
1.2.2 Естественная устойчивость микробиоты полости рта
и механизмы ее реализации в норме и при патологических
состояниях...................................................................................48
1.2.3 Виром полости рта ....................................................................52
1.2.4 Бактериально-вирусные ассоциации и межмикробные
коммуникации.............................................................................57
1.3 Формирование микробиоты в пре- и постнатальный период
онтогенеза .............................................................................................63
1.3.1 Изменения микробиоты полости рта и ее влияние на исход
беременности .............................................................................63
1.3.2 Микробиом плаценты................................................................66
1.3.3 Формирование микробиоты новорожденного —
регулирующие факторы, долгосрочные эффекты..................72
3
1.3.3.1 Характер родоразрешения.................................................75
1.3.3.2 Естественное вскармливание.............................................76
1.3.3.3 Антибактериальная химиотерапия ..................................78
1.3.3.4 Пребывание в отделении реанимации и интенсивной
терапии новорожденных ...................................................81
1.4 Современные подходы изучения микробиоты .................................84
1.4.1 Комплексный подход изучения микробиоты различных
биотопов ….................................................................................84
1.4.2 Молекулярно-генетический подход ........................................86
1.4.3 Метаболический подход ...........................................................89
1.5 Поддержание и коррекция микробиоты организма человека..........95
1.5.1 Основные подходы с использованием про- и пребиотиков
(синбиотики)...............................................................................95
1.5.2 Метабиотики и эпигенетика .....................................................98
ГЛАВА 2. МЕТОДОЛОГИЯ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ...........................102
2.1 Характеристика микроорганизмов, используемых в работе...........102
2.2 Микробиологический мониторинг бактериального компонента
микробиоты (бактериологическое исследование) ...........................106
2.2.1 Материал для исследования и методы выделения .................107
2.2.2 Биохимическая идентификация ...............................................108
2.2.3 Генетическая идентификация ..................................................109
2.2.4 Определение чувствительности к антибактериальным
препаратам..................................................................................109
2.2.5 Определение микроэкологического варианта
нормомикробиоты полости рта ................................................110
2.3 Молекулярно-генетическое исследование бактериально-вирусных
ассоциаций ............................................................................................111
2.3.1 Молекулярно-генетическое исследование вирусного
компонента .................................................................................111
4
2.3.2 Молекулярно-генетическое исследование бактериального
компонента .................................................................................113
2.4 Филометаболический подход к исследованию микробиоты ..........113
2.4.1 Определение короткоцепочечных жирных кислот ...............114
2.4.2 Масс-спектрометрия по Осипову ............................................115
2.5 Определение отдельных механизмов реализации взаимодействия
в бактериально-вирусных ассоциациях .............................................117
2.5.1 Определение противовирусной активности лактобацилл ....118
2.5.2 Определение способности высокоантагонистических
лактобацилл к биопленкообразованию....................................119
2.5.3 Определение механизмов реализации условной патогенности
с использованием методов биоинформатики .........................119
2.6 Определение уровня здоровья и резистентности..............................120
2.6.1 Комплексное обследование и определение уровня
здоровья.......................................................................................120
2.6.2 Определение локальной резистентности полости рта ...........121
2.6.3 Определение общей иммунной резистентности ....................121
2.7 Статистические методы анализа данных...........................................122
ГЛАВА 3. БАКТЕРИАЛЬНО-ВИРУСНЫЕ АССОЦИАЦИИ
ПИЩЕВАРИТЕЛЬНОГО ТРАКТА У ПРАКТИЧЕСКИ
ЗДОРОВЫХ ЛЮДЕЙ В ВОЗРАСТНОМ АСПЕКТЕ ......................124
3.1 Бактериальный компонент микробиоты различных биотопов
пищеварительного тракта в возрастном аспекте...............................124
3.1.1 Качественные и количественные характеристики
микробиоты полости рта...........................................................124
3.1.2 Качественные и количественные характеристики
микробиоты кишечника ............................................................126
3.1.3 Варианты нормомикробиоты начального и конечного
отделов пищеварительного тракта в сравнительном
аспекте ........................................................................................127
5
3.1.4 Качественные и количественные характеристики
бактериального компонента микробиоты полости рта
как показатель состояния микробиоты пищеварительного
тракта ..........................................................................................131
3.2 Локальная резистентность полости рта и ее взаимосвязь
с микроэкологией (варианты нормомикробиоценоза).....................132
3.3 Вирусный компонент микробиоты полости рта в возрастном
аспекте ..................................................................................................134
3.3.1 Качественные и количественные параметры вирусного
компонента полости рта в возрастном аспекте ......................134
3.3.2 Вирусный компонент и бактериальные микроэкологические
варианты нормомикробиоты полости рта ..............................136
3.3.3 Катамнестическое (ретроспективное) исследование
вирусного компонента микробиоты полости рта...................139
3.3.4 Качественные и количественные характеристики вирусного
компонента микробиоты полости рта как показатель
резистентности организма.........................................................140
ГЛАВА 4. БАКТЕРИАЛЬНО-ВИРУСНЫЕ АССОЦИАЦИИ У ДЕТЕЙ
С III ГРУППОЙ ЗДОРОВЬЯ...............................................................142
4.1 Комплексный подход к определению уровня здоровья детей
и подростков .........................................................................................142
4.1.1 Бактериально-вирусные ассоциации у детей
со II и III группой здоровья в сравнительном аспекте ..........142
4.1.2 Общая иммунная резистентность в аспекте бактериально
вирусных ассоциаций................................................................145
4.1.3 Респираторные вирусы у детей с III группой здоровья.........147
4.1.4 Качественные и количественные параметры бактериально
вирусных ассоциаций для оценки общей резистентности
у детей..........................................................................................148
6
4.2 Взаимосвязь бактериального компонента различных биотопов
при формировании патомикробиоценоза у детей
с внутриутробной инфекцией .............................................................150
4.3 Бактериально-вирусные ассоциации у детей с III группой
здоровья …............................................................................................153
4.3.1 Качественные и количественные параметры вирусного
компонента микробиоты полости рта у детей с III группой
здоровья в аспекте общей иммунной резистентности...........153
4.3.2 Филометаболический подход к определению бактериально
вирусных ассоциаций у детей с III группой здоровья ...........158
ГЛАВА 5. ОСОБЕННОСТИ МИКРОБИОТЫ ПИЩЕВАРИТЕЛЬНОГО ТРАКТА
В СРАВНИТЕЛЬНОМ АСПЕКТЕ С ДРУГИМИ БИОТОПАМИ
У НЕДОНОШЕННЫХ НОВОРОЖДЕННЫХ С ДЕФИЦИТОМ
МАССЫ ТЕЛА .....................................................................................165
ГЛАВА 6. БАКТЕРИАЛЬНО-ВИРУСНЫЕ АССОЦИАЦИИ У ЛИЦ
С НОВООБРАЗОВАНИЯМИ ПИЩЕВАРИТЕЛНОГО ТРАКТА..177
6.1 Комплексное обследование пациентов с новообразованиями
челюстно-лицевой области .................................................................177
6.1.1 Общая характеристика группы исследования ........................177
6.1.2 Качественные и количественные параметры вирусного
компонента у лиц с новообразованиями челюстно-лицевой
области.........................................................................................180
6.1.2.1 Качественные и количественные параметры
вирусного компонента у лиц с новообразованиями
СОПР .............................................................................183
6.1.2.2 Качественные и количественные параметры
вирусного компонента у лиц с новообразованиями
кожи лица ......................................................................185
6.1.2.3 Бактериальный компонент микробиоты полости
рта у лиц с новообразованиями СОПР........................188
7
6.2 Качественные и количественные параметры вирусного компонента
новообразований других отделов пищеварительного тракта..........190
6.3 Факторы риска и прогнозирование развития и неблагоприятного
течения новообразований СОПР.........................................................190
ГЛАВА 7. МЕХАНИЗМЫ РЕАЛИЗАЦИИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ
В СОСТАВЕ БАКТЕРИАЛЬНО-ВИРУСНЫХ АССОЦИАЦИЙ....195
7.1 Противовирусная активность и способность высоко-
антагонистических лактобацилл к биопленкообразованию ...........195
7.2 Роль липоксигеназ в реализации условной патогенности ..............197
7.3 Молекулярно-генетический и метаболический подходы
определения вирусного компонента микробиоты............................199
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.........................................................................................................201
Перспективы дальнейшей разработки темы...........................................................218
ВЫВОДЫ ..................................................................................................................220
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ ..................................................................222
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ ......................................................................................223
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ ........................................................................................226
