ВВЕДЕНИЕ .............................................................................................................................................. 4
ГЛАВА 1. СОВРЕМЕННЫЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ О РОЛИ МИКРОБИОТЫ ЛЁГКИХ В
ПАТОГЕНЕЗЕ ТУБЕРКУЛЁЗНОЙ ИНФЕКЦИИ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ) ................................. 14
1.1. Патогенез туберкулёза на организменном, клеточном и молекулярном уровнях ................ 14
1.1.1. Патогенез туберкулёза ................................................................................................................ 14
1.1.2. Механизм формирования гранулёмы ........................................................................................ 16
1.1.3. Иммунопатогенез гранулёматозного воспаления..................................................................... 19
1.1.4. Биоплёнки микобактерий как фактор патогенности ................................................................ 26
1.2. Микробиота лёгких в норме и при патологических состояниях ............................................ 29
1.2.1. Общая характеристика микробиоты лёгких .............................................................................. 29
1.2.2. Микробиота лёгких и иммунитет ............................................................................................... 32
1.2.3. Микробиота лёгких как патогенетический фактор .................................................................. 36
1.2.4. Современные методы изучения микробиома лёгких ............................................................... 39
1.2.5. Отечественные исследования микробиоты нижних дыхательных путей при
патологическом процессе ..................................................................................................................... 42
1.2.6. Микробиота лёгких при туберкулёзе ......................................................................................... 43
ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ ................................................................... 49
2.1. Дизайн и объекты исследования ................................................................................................ 49
2.2. Методы исследования ................................................................................................................. 54
2.2.1. Биоинформатический анализ микробного разнообразия лёгких ............................................ 54
2.2.2. Микробиологические методы анализа ...................................................................................... 60
2.2.3. Иммунологические методы анализа .......................................................................................... 63
2.2.4. Программное обеспечение и методы статистической обработки данных ............................. 66
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ОБСУЖДЕНИЕ .................................................. 69
3.1. Сравнительный анализ микробиоты туберкулёзных очагов и интактной ткани
лёгкого .................................................................................................................................................... 69
3.1.1. Особенности состава и структуры микробиоты ....................................................................... 70
3.1.2. Прогноз функциональных профилей микробиоты ................................................................... 83
3.1.3. Исследование взаимосвязи клинических показателей с типом бактериального
сообщества туберкулёзного очага ....................................................................................................... 89
3.2. Фенотипические характеристики и иммуногенность микробиоты казеозного
некроза туберкулём ............................................................................................................................... 93
3.2.1. Выделение и характеристика микроорганизмов из казеозного некроза туберкулём ........... 94
3.2.2. Анализ клеточного иммунитета ................................................................................................. 99
3.2.3. Анализ гуморального иммунитета ........................................................................................... 110
3.2.4. Экспериментальная in vitro модель гранулёматозного воспаления,
индуцированного M. tuberculosis ....................................................................................................... 113
3
3.3. Влияние C. kefirresidentii и S. epidermidis из казеозного некроза туберкулём на рост
микобактерий in vitro .......................................................................................................................... 118
3.3.1. Культивирование клинического штамма M. tuberculosis с клеточными лизатами C.
kefirresidentii и S. epidermidis ............................................................................................................. 118
3.3.2. Культивирование вакцинного штамма M. bovis var. BCG с живыми клетками C.
kefirresidentii ........................................................................................................................................ 120
ЗАКЛЮЧЕНИЕ ................................................................................................................................... 126
ВЫВОДЫ ............................................................................................................................................. 132
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ ...................................................... 134
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ ................................................................................................................... 136
Приложение А ..................................................................................................................................... 163
Приложение Б ...................................................................................................................................... 169
Приложение В ...................................................................................................................................... 171
Приложение Г ...................................................................................................................................... 172
