ВВЕДЕНИЕ……………………………………………..………………………
5 ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ…………………………………………………...………
13
1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ………………………………………….…….…..…
13
1.1 Характеристика вируса гриппа А…………………………………….…
13
1.1.1 Строение вириона и структура генома вируса гриппа А…….……
14
1.1.2 Цикл репродукции вируса гриппа…………………………….……
19
1.2
Антигенный дрейф вируса гриппа…………………………………...…
22
1.3
Антигенный шифт вируса гриппа…………………………...….………
24
1.4
Экология вируса гриппа…………………………………………………
26
1.4.1 Круг восприимчивых к вирусу гриппа А хозяев………………..…
26
1.4.2
Влияние экологических особенностей и путей миграции различных таксонов перелетных птиц на распространение вируса гриппа……………………………………………………..….
29
1.4.3
Высокопатогенный вирус гриппа H5N1 и H5NX у диких птиц ....
37
1.4.4
Другие зоонозные вирусы гриппа птиц……………………………
41
1.5
Характеристика орнитофауны и водных угодий западного побережья Среднего Каспия………………………….…………………
43
1.6
Заключение по обзору литературы……………………………………..
50
2
СОБСТВЕННЫЕ ИСЛЕДОВАНИЯ………….………………………….…
52
2.1
Материалы и методы…………………………………………….………
52
2.1.1
Отлов и определение видового состава диких птиц………………
52
2.1.2
Сбор и хранение клоакальных мазков птиц……………………..…
53
2.1.3
Выделение и культивирование вирусов в системе РКЭ………..…
54
2.1.3.1
Ростовые свойства в системе РКЭ………………………….…..
55
2.1.4
Проведение РГА и РТГА………………………………………...….
56
2.1.5
Культивирование и титрование вируса на культуре клеток……...
57
2.1.6
Внутривенный индекс патогенности………………..……….…….
59
2.1.7
Определение патогенности штаммов вируса гриппа
для мышей линии BALB/C………………………...………………..
59
2.1.8
Получение сывороток………………………………….……….…...
60
2.1.9
Антигенный анализ…………………….……………………..……..
60
2.1.10
Выделение РНК………………………………….…………….…….
61
2.1.11
Реакция обратной транскрипции и полимеразная цепная
реакция в реальном времени………………………….……….……
62
2.1.12
Секвенирование…………………………………..………….………
63
3
2.1.13
Филогенетический анализ………………………………………...…
64
2.2
Результаты собственных исследований………………………..............
65
2.2.1
Выбор оптимальных мест для проведения мониторинга
вируса гриппа………………….……..…………………..………..…
65
2.2.2
Характеристика выборки птиц……………………………..……….
66
2.2.3
Разнообразие и представленность вируса гриппа А
в популяциях водоплавающих птиц западного побережья Среднего Каспия………………………………………………….…
68
2.2.4
Вирусологические характеристики штаммов вируса гриппа A…..
74
2.2.5
Молекулярно-биологический и филогенетический анализ сегментов внутренних белков……………………………..………..
74
2.2.5.1
Филогенетический анализ сегмента генома PB2……..……….
75
2.2.5.2
Филогенетический анализ сегмент генома РВ1………...……..
79
2.2.5.3
Филогенетический анализ сегмента генома РА……………….
81
2.2.5.4
Филогенетический анализ сегмента генома NP……………….
81
2.2.5.5
Филогенетический анализ сегмента МР………………………..
84
2.2.5.6
Филогенетический анализ сегмента NS…..……………………
86
2.2.5.7
Заключение по разделу «Молекулярно-биологический и филогенетический анализ сегментов внутренних белков» …..
92
2.2.6
Биологические свойства и генетическая характеристика низкопатогенных вирусов гриппа H7N3 субтипа…………………
93
2.2.6.1
Патогенность вирусов гриппа H7N3 субтипа для кур и мышей.............................................................................................
93
2.2.6.2
Молекулярно-биологический анализ вирусов гриппа
H7N3 субтипа….…………………………………………………
94
2.2.6.3
Филогенетический анализ вирусов гриппа H7N3 субтипа..….
96
2.2.6.4
Заключение по филогенетическому анализу каспийских штаммов H7N3……..……………………………………………
108
2.2.7
Биологические свойства и генетическая характеристика низкопатогенных вирусов гриппа H10N5 субтипа………………..
109
2.2.7.1
Основные вирусологические характеристики штамма A/mallard/Dagestan/1051/2018…………………………………...
109
2.2.7.2
Молекулярно-биологический и филогенетический анализ штамма A/mallard/Dagestan/1051/2018 вируса гриппа
H10N5 субтипа………………………………………..…………
110
2.2.7.3
Заключение по вирусу по филогенетическому анализу каспийского штамма Н10 (обсуждение) ………………………
123
2.2.8
Биологические свойства и генетическая характеристика низкопатогенных вирусов гриппа H12N5 субтипа………………..
125
2.2.8.1
Антигенные свойства вируса A/teal/Dagestan/1017/2018…..…
125
4
2.2.8.2
Молекулярно-биологические свойства и филогенетический анализ вируса вируса A/teal/Dagestan/1017/2018………………
125
2.2.8.3
Заключение по филогенетическому анализу каспийского штамма Н12………………………………………….………….
135
2.2.9
Практическая значимость результатов исследования: формирование коллекции штаммов и депонирование в государственных коллекциях……………………………………
140
ОБСУЖДЕНИЕ…………………………………………………..
142
ВЫВОДЫ…………………………………………………………
150
ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ…………………………...
152
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ………………..
153
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ…………………
154
ПРИЛОЖЕНИЯ…………………………………………………..
182
Приложение А - Регистрационные номера нуклеотидных последовательностей генов вируса гриппа, задепонированных
в международной базе данных Genbank Регистрационные номера нуклеотидных последовательностей генов вируса гриппа, задепонированных в международной базе данных Genbank…………
183
Приложение Б - Справки о депонировании ……………………….
184
