Введение
Глава 1. Интеллектуальный анализ данных и проблема прогнозирования путей биотрансформации
1.1 Прогнозирование путей биотрансформации 13
1.1.1 Основные понятия и задачи предметной области 13
1.1.2 Модель активности реакционных центров 16
1.2 Существующие решения 19
1.3 Об интеллектуальном анализе данных 24
1.4 Средства интеллектуального анализа данных 30
1.5 ДСМ-метод как средство интеллектуального анализа данных 38
1.5.1 ДСМ-рассуждения 38
1.5.2 Представление данных и знаний в виде открытой эмпирической теории для применения ДСМ-рассуждений 42
1.6 Выводы 43
Глава 2. Архитектура интеллектуальной системы типа ДСМ для решения задач прогнозирования биотрансформаций
2.1 Общая архитектура ИнтС-ДСМ 47
2.2 Интегрированная среда поддержки исследователя, анализирующего данные о путях биотрансформаций 48
2.2.1 Редактор метаболических сетей 52
2.2.2 Редактор химических соединений 53
2.2.3 Компонент генерации отчетов о проведенных экспериментах 54
2.2.4 Компоненты 2D- и 3D- визуализации структур химических соединений 55
2.2.5 Модуль биотрансформационного преобразования 55
2.2.6 Модуль, реализующий стратегию построения метаболической сети 56
2.2.7 Модуль настройки ДСМ-решателя на предметную область 57
2.2.8 Модуль поддержки эксперимента 57
2.2.9 Модуль взаимодействия с ДСМ-решателем 58
2.2.10 Подсистема связи с Базой Данных / Базой Знаний 58
2.3 Принцип работы системы 59
2.4 Выводы 61
Глава 3. Алгоритмические и программные средства
3.1 Алгоритм шага трансформации 64
3.2 Алгоритм поиска подграфа в графе 64
3.2.1 Основные этапы работы программы, реализующей алгоритм поиска подграфа в графе 68
3.2.2 Принцип работы алгоритма 74
3.2.3 Поиск всех вложений подграфа G" в граф G 81
3.2.4 Пример нахождения вложения подграфа G в граф G 83
3.3 Алгоритм замены подграфа G" на подграф G" в графе G 92
3.3.1 Представление трансформации в системе 92
3.3.2 Принцип работы алгоритма 95
3.4. Алгоритм построения метаболической сети 98
3.5 Программная реализация 99
3.5.1. Редактор метаболических сетей 99
3.5.2 Модуль биотрансформационного преобразования 101
3.5.3 Модуль настройки ДСМ-решателя на предметную область... 104
3.5.4 Компонент для работы с файлами формата MDL MOL 105
3.5.5 Компонент 20-отображения структур химических соединений 106
3.6 Выводы 106
Глава 4. Интеллектуальная система анализа данных о результирующем эффекте от введения в организм двух химических соединений
4.1 О результирующем эффекте от введения в организм двух химических соединений 108
4.2 Использование ДСМ-метода для прогноза результирующего эффекта воздействия на организм нескольких веществ 109
4.3 Архитектура ИнтС-ДСМ для решения задачи прогноза результирующего эффекта от введения в организм двух химических соединений 111
4.4 Принцип работы системы 113
4.5. Программная реализация 115
4.5.1 БД SYNERGISM 116
4.5.2 Модуль настройки ДСМ-решателя на предметную область... 118
4.5.2Программный комплекс SYNERGEXP 119
4.6 Выводы 124
Глава 5. Экспериментальное подтверждение адекватности предложенного подхода к решению задач прогнозирования путей биотрансформаций и результирующего эффекта от введения в организм двух химических соединений: компьютерные эксперименты
5.1 Порождение необходимых и достаточных условий прохождения биотрансформационных преобразований 125
5.2 Прогноз результирующего эффекта от введения в организм двух химических соединений 134
5.3 Выводы 135
Заключение 137
Основные результаты работы 139
Список публикаций 140
Апробация работы 141
Литература 142
