Введение
Глава 1. Исследуемые объекты и методы их анализа 10
1.1. Пигментно-белковые комплексы тилакоидных мембран хлоропластов 10
1.1.1. Структура тилакоидных мембран 10
1.1.2. Фотосистемы I и II 11
1.1.3. Светособирающие комплексы 13
1.2. Световой стресс и адаптация к нему тилакоидов 16
1.2.1. Световой стресс и фотоингибирование 16
1.2.2. Механизмы защиты от светового стресса 17
1.2.3. Фотодинамика фосфорилирования белков фотосистем 21
1.2.4. Протеомный анализ фотодинамики тилакоидных комплексов 22
1.3. Масс-спектрометрия высокого разрешения в протеомном анализе 24
1.3.1. Роль масс-спектрометрии в анализе протеомов 24
1.3.2. Разрешающая способность и точность измерения масс 28
1.3.3. Масс-спектрометрия ИЦР ПФ 29
1.3.4. Анализ модифицированных белков 33
Глава 2. Анализ белков светособирающих комплексов 38
2.1. Методика проведения эксперимента 38
2.1.1. Создание светового стресса 39
2.1.2. Фракционирование тилакоидных мембран и извлечение светособирающих комплексов 40
2.1.3. Использование методов гель-электрофореза для разделения белков 40
2.1.4. Масс-спектрометрический анализ и идентификация белков 41
2.2. Идентификация белков, разделённых двумерным гель-электрофорезом 41
2.2.1. Применение ионизации методом электроспрей 43
2.2.2. Масс-спектрометрический анализ с использованием метода ионизации MALDI 46
2.2.3. Изменения в белковом составе антенны по данным двумерного гель-электрофореза 48
2.3. Анализ белков после одномерного гель-электрофореза 50
2.3.1. Идентификации сложных белковых композиций 51
2.3.2. Сравнительный анализ белков в композиции 57
2.3.3. Обзор вызванных световым стрессом изменений в светособирающих комплексах 59
Глава 3. Фотодинамика протеома тилакоидных мембран 62
3.1. Протеомный анализ тилакоидных мембран 62
3.1.1. Оптимизация методов пробоподготовки и разделения 63
3.1.2. Хромато-масс-спектрометрический анализ 64
3.1.3. Редкие и светоиндуцированные белки 67
3.2. Фотодинампка фосфорнлирования хлорофилл-связывающих белков 71
3.2.1. Идентификация фосфорилированных белков 72
3.2.2. Фотодинамика фосфорнлирования белков фотосистемы II 76
3.3. Нитрирование и другие фото окислительные модификации 77
3.3.1. Нитрирование 78
3.3.2. Окислительные модификации триптофана 81
3.3.3. Фотодинамика нитрирования тирозина и окисления триптофана 84
Глава 4. Реорганизация фотосинтезирующих комплексов 86
4.1. Разделение и анализ пигментно-белковых комплексов 86
4.1.1. Общая стратегия эксперимента 86
4.1.2. Особенности хромато-масс-спектрометрического анализа и идентификации белков 88
4.2. Редкие хлорофилл-связывагощие белки в структуре фотосистем 89
4.2.1. Состав пигментно-белковых комплексов 90
4.2.2. Локализация редких хлорофилл-связывающих белков 90
4.2.3. Диссоциация комплексов фотосистем 94
4.2.4. Общая характеристика фотодинамических процессов в фотосистемах 96
4.3. Роль фосфорнлирования и нитрирования в реорганизации комплексов 99
4.3.1. Уровни регуляции фотофосфорилирования в комплексах фотосистемы II 100
4.3.2. Роль нитрирования в распаде фотосинтезирующих комплексов 101
4.3.3. Взаимное влияние фосфорнлирования и нитрирования 105
Заключение 108
Выводы 113
Список литературы 114
Приложения 126
