Введение
1. Обзор литературы
1.1. Регуляция дыхания в геноме Е. coli 7
1.1.1. Транскрипционный регулятор FNR 7
1.1.2. Двухкомпонентная система АгсА/АгсВ 9
1.1.3. Регуляция нитрит-нитратного дыхания 11
1.1.4. Транскрипционный регулятор ModE 14
1.2. Регулон NadR в геномах Е. coli и S. thypi 17
1.3. Современные методы сравнительной геномики 21
1.3.1. Методы поиска экспериментальных данных, для последующего компьютерного анализа и предсказаний 21
1.3.2. Методы, основанные на сходстве аминокислотных последовательностей белков 22
1.3.3. Кластеризация генов на хромосоме 26
1.3.4. Анализ регуляторных сигналов 29
2. Материалы и методы
2.1. Банки данных геномных последовательностей 31
2.2. Компьютерные программы и методы для анализа нуклеотидных и аминокислотных последовательностей 32
3. Результаты и обсуждение
3.1. Построение распознающих правил для поиска потенциальных сайтов связывания регуляторных белков
3.1.1. Построение распознающего правила для регулона FNR 34
3.1.2. Построение распознающего правила для регулона АгсА 35
3.1.3. Построение распознающего правила для регулона NarP 37
3.1.4. Построение распознающего правила для регулона ModE 38
3.1.5. Построение распознающего правила для регулона NadR 40
3.2. Разработка и применение новых методов сравнительной геномики
3.2.1. Анализ таксоноспецифичной регуляции 41
3.2.2. Применение метода таксоноспецифичного анализа для 42 изучения эволюции NadR регулона в группе геномов Enterobacteriaceae
3.3. Анализ дыхательных регулонов
3.3.1. Анализ FNR регулона 49
3.3.2. Анализ АгсАрегулона 58
3.3.3. Анализ NarP регулона 61
3.3.4. Анализ ModE регулона 75
3.3.5. Комплексный анализ дыхательных регулонов 77
Выводы 93
