Введение
1. Обзор литературы. Раково-тестикулярные антигены как прогностические маркеры и мишени иммунотерапии опухолей 14
1.1. Генно-клеточные вакцины, разработанные в ИБГ РАН 14
1.2. Общая характеристика группы раково-тестикулярных антигенов
1.2.1. История изучения и номенклатура раково-тестикулярных антигенов 16
1.2.2. Классификация раково-тестикулярных антигенов 18
1.2.3. Регуляция экспрессии раково-тестикулярных-антигенов 19
1.2.4. Функции раково-тестикулярных-антигенов 21
1.2.5. Раково-тестикулярные антигены как мишени для иммунотерапии 23
1.3. Характеристика отдельных групп раково-тестикулярных антигенов .24
1.3.1. Раково-тестикулярные гены и антигены семейства MAGE-А 24
1.3.1.1. Номенклатура семейства MAGE 24
1.3.1.2. Экспрессия генов и антигенов семейства MAGE-A в нормальных тканях и в опухолях 25
1.3.1.3. Иммунногенность раково-тестикулярных антигенов семейства MAGE-А 27
1.3.2. Раково-тестикулярные гены и антигены семейства В AGE 29
1.3.2.1. Номенклатура семейства BAGE 29
1.3.2.2. Экспрессия генов и антигенов семейства BAGE в нормальных тканях и в опухолях 30
1.3.2.3. Иммуногенность раково-тестикулярных антигенов семейства BAGE 31
1.3.3. Раково-тестикулярные гены и антигены семейства GAGE 32
1.3.3.1. Номенклатура семейства GAGE 32
1.3.3.2. Экспрессия генов и антигенов семейства GAGE в нормальных тканях и в опухолях 32
1.3.3.3. Иммуногенность раково-тестикулярного антигена GAGE 33
1.3.4. Раково-тестикулярные антиген и reHNY-ESO-1 34
1.3.4.1. Номенклатура семейства NY-ESO-1 34
1.3.4.2. Экспрессия гена и антигена NY-ESO-1 в нормальных тканях и в опухолях 34
1.3.4.3. Иммуногенность антигенов семейства NY-ESO-1 36
1.4. Раково-тестикулярные гены и антигены при раке молочной железы...
1.5. Раково-тестикулярные гены и антигены при лейкоплакии слизистой оболочки полости рта 47
2. Материалы и методы 51
2.1 Пациенты и биообразцы 51
2.1.1. Сбор биологического материала 51
2.1.2. Пациенты с лейкоплакией и образцы слизистой оболочки полости рта.. 51
2.1.3. Пациенты с плоскоклеточным раком слизистой оболочки полости рта и характеристика собранных образцов опухолей 51
2.1.4. Пациенты с раком молочной железы и характеристика собранных образцов опухолей
2.2. Стабилизация РНК в образцах 52
2.3. Выделение тотальной РНК из стабилизированных образцов 53
2.4. Обработка РНК ДНКазой 53
2.5. Реакция обратной транскрипции 53
2.6. Система контрольных образцов для исследования экспрессии раково-тестикулярных генов человека 54
2.7. Полимеразная цепная реакция 56
2.7.1. Состав реакции 56
2.7.1.1. Состав реакционной смеси 56
2.7.1.2. Праймеры 56
2.7.2. Условия проведения ПЦР 56
2.8. Порядок проведения ПЦР для исследованных образцов 57
2.9. ДНК-электрофорез в агарозном геле 2.10. Регистрация результатов исследования 58
2.11. Учет результатов исследования 58
2.12. Анализ транскриптома клеточной линии MelP, входящей в состав генно-клеточной противоопухолевой вакцины «Аллоген»
2.12.1. Клеточная линия меланомы MelP 59
2.12.2. Выделение тотальной РНК, оценка количества, качества, обработка ДНКазой 59
2.12.3. Выделение мРНК 60
2.12.4. Построение фрагментной библиотеки 60
2.12.5. Секвенирование РНК-библиотек 61
2.12.6. Биоинформатическая обработка результатов секвенирования транскриптомов меланомы 61
2.13. Статистическая обработка результатов анализа экспрессии генов 62
3. Результаты и обсуждение 63
3.1. Разработка набора реагентов для молекулярно-генетическои диагностики экспрессии РТ-генов методом полимеразной цепной реакции 63
3.1.1 .Выбор генов для набора реагентов 63
3.1.3. Подготовка документов для регистрационного досье «Набора реагентов для молекулярно-генетическои диагностики экспрессии РТ-антигенов методом полимеразной цепной реакции (РТ-антиген)» 67
3.1.4. Состав набора реагентов
3.1.5.1. Технические испытания 71
3.1.5.2. Медицинские испытания 72
3.1.5.3. Получение регистрационного удостоверения 74
3.2. Результаты исследования экспрессии раково-тестикулярных генов в
образцах рака молочной железы 76
3.2.1. Исследование экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах нормальной ткани молочной железы 77
3.2.2. Исследование экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах рака молочной железы 78
3.2.3. Сопоставление профиля экспрессии РТ-генов в образцах рака молочной железы с набором РТ-генов клеточных линий противоопухолевых вакцин «Компливак» и «Аллоген» 82
3.3. Результаты исследования экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах лейкоплакии и плоскоклеточного рака слизистой оболочки полости рта 84
3.3.1. Экспрессия раково-тестикулярных генов в образцах нормальной слизистой оболочке полости рта 84
3.3.2. Экспрессия раково-тестикулярных генов в образцах плоскоклеточного рака слизистой оболочки полости рта 85
3.3.3. Результаты исследования экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах лейкоплакии слизистой оболочки полости рта 87
3.4. Теоретическое обобщение литературных данных для обоснования перспективных направлений исследований функций MAGE-A антигенов.. 89
4. Заключение 100
5. Выводы 103 6. Список сокращений 104
7. Список литературы 107
