Введение
Глава 1. Положение конъюгиругощих водорослей в системе растительных организмов и их филогенетические связи . 12
1.1. Принципы классификации и возможные пути эволюции Zygnemato-phyceae 23
1.2. Таксономический состав класса 37
Глава 2. Объекты и методы исследования 42
2.1. Источники культур водорослей . 42
2.2. Выделение, амплифицирование и секвенирование ДНК 42
2.3. Выравнивание последовательностей и построение филогенетических деревьев 44
2.4. Совместный анализ генов 46
2.5. Создание и проверка альтернативных топологий 46
2.6. Поиск молекулярных синапоморфий 47
Глава 3. Результаты филогенетических анализов нуклеотидных последовательностей 48
3.1. Наличие 1506 интрона I группы в кодирующем регионе 18S рДНК конъюгат 49
3.2. Анализ 18S рДНК 103 таксонов Streptophyta и Chlorophyta 49
3.3. Анализ 18S рДНК 41 вида Streptophyta 54
3.4. Анализ филогенетических взаимоотношений в сем. Desmidiaceae..59
3.5. Положение рода Spirotaenia среди стрептофитных водорослей 63
3.5.1. Сравнение кодирующих регионов 18S рДНК Streptophyta...63
3.5.2. Анализ последовательностей rbcL 66
Глава 4. Сравнение результатов индивидуальных и комбинированных анализов последовательностей 18S рДНК и rbcL в классе Zygnematophyceae ...72
4.1. Выбор анализированных видов 75
4.2. 188рДНК филогения 75
4.3. RbcL филогения 78
4.4. Особенности индивидуальных наборов данных и их анализов 81
4.4. Комбинированный анализ генов (18S рДНК+ricL) 84
4.5. Комбинированный анализ и проблема длинных ветвей 88
4.6. Тестирование альтернативных топологий; 91
4.7. Бейесова филогения 93
4^8. Анализ молекулярных синапоморфий. 94
4.8.1. Синапоморфные признаки в 18S рРНК представителей г Zygnematophyceae. 95
4.8.2. Синапоморфий в renerbcL 98
Глава 5. Филогенетическая структура класса Zygnematophyceae ; 10СИ
5.1. Монофилии класса в связи с положением рода Spirotaenia 100
5.2.Порядок Zygnematales. 106
5.2Л. Роды Netrium uRoya. 115
5:3. Порядок Desmidiales 118
5.3Л. Семейство Gonatozygaceae. 120
5.3.2. Семейство Closteriaceae. ...123
5.3.3. Семейство Peniaceae. 127
5.3.4. Семейство Desmidiaceae. 132
5.3.5. Филогенетический статус некоторых родов десмидиевых...137
Глава 6. Концепции родов Staurastrum, StaurodesmuswCosmarium 146
6.1. Выбор анализированных видов 146
6.2. Первичная и вторичная структуры 1506 интрона I группы. 147
6.3. Первичная и вторичная структуры ITS 1 149
6.4. Первичная и вторичная структуры ITS2. 154
6.5. Филогенетический анализ последовательностей 18S рДНК. 158
6.6. Анализ некодирующих участков рибосомального оперона. 162
6.7. Комбинированный анализ кодирующих и некодирующих последовательностей рДНК. 164
6.8. Филогенетическая структура рода Staurastrum 167
6.9. Полифилия родов Staurodesmus и Cosmarium 171
6.10. Утилитарность некодирующих участков оперона рДНК для целей филогении в сем, Desmidiaceae 175
Заключение 179
Выводы 181
Список литературы. 183
Приложение 209
