Введение
ГЛАВА 1. Взаимодействие рнк-полимераз в митохондриях и пластидах 23
1. Примеры локусов в митохондриях и пластидах 23
2. Модель взаимодействия РНК-полимераз 24
3. Параметры модели 28
3.1. Параметры РНК-полимеразы бактериального типа (PEP) 28
3.2. Параметры PEP-промоторов и число абортивных попыток 28
3.3. Параметры РНК-полимеразы фагового типа (NEP) 30
4. Экспериментальные данные об уровнях транскрипции генов и временах полураспада 31
4.1. Данные о митохондриях 31
4.2. Данные о пластидах 37
5. Оценка согласия с опытом 39
6. Методика моделирования 40
6.1. Обоснование модели 40
6.2. Случай митохондрий 41
7. Компьютерная реализация модели 44
8. Результаты о митохондриях 46
9. Результаты о пластидах 48
10. Обсуждение результатов о митохондриях 50
11. Обсуждение результатов о пластидах 55
12. Заключение 57
ГЛАВА 2. Семейства белков, кодируемых в пластидах 58
1. Введение и постановка задачи 58
1.1. Пластиды родофитной ветви 60
1.2. Пластиды хлорофитной ветви 63
1.3. Пластиды цветковых растений 64
2. Результаты 64
2.1. Алгоритм кластеризации 64
Пример работы алгоритма 71
2.2. Кластеризация белков родофитной ветви пластид 74
2.2.1. Характеристика кластеров пластомных белков родофитной ветви 75
2.2.2. Поиск РНК-полимераз в ядерных геномах споровиков 77
2.2.3. Обсуждение результатов кластеризации для родофитной ветви 80
2.3. Кластеризация белков хлорофитной ветви пластид 81
2.3.1. Характеристика кластеров пластомных белков хлорофитной ветви 81
2.3.2. Обсуждение результатов кластеризации для хлорофитной ветви 83
2.3.3. Дополнительное исследование кластеров CysA и CysT 85
2.4. Кластеризация пластомных белков однодольных растений 87
2.5. Кластеризация пластомных белков цветковых растений 88
ГЛАВА 3. Сопряжение трансляции и процессинга мрнк в пластидах 91
1. Введение и постановка задачи 91
2. Материалы и методы 97
3. Результаты
