Введение
1.1 Научная новизна и значимость работы 3
1.2. Цели и задачи 12
1.3. Обзор литературы 13
Молекулярные системы бактерий, участвующие в адаптации к стрессу 13
Потенциальные регуляторы в геноме Mycoplasma gallisepticum 25
Механизмы регуляции стрессового ответа у других бактерий 35
Адаптивные механизмы Mycoplasma gallisepticum 38
2. Материалы и методы 40
2.1. Культуральные работы 40
2.2. Приготовление препаратов ДНК, РНК, белка 41
2.3. Секвенирование генома Mycoplasma gallisepticum S6 45
2.4. Измерение транскрипционной активности M. gallisepticum (транскриптомика) 48
2.5. Протеомный анализ M. gallisepticum (протеомика) 57
2.6. Биохимические исследования 62
3. Результаты 63
3.1. Определение полной нуклеотидной последовательности генома M. gallisepticum S6 63
3.2. Транскрипционный анализ M. gallisepticum 63
Отработка биологических моделей стрессовых воздействий 63
Отработка технологии фрагментации РНК 64
Отработка технологии нормализации транскриптомных библиотек 66
Воспроизводимость количественных данных по представленности транскриптов . 73
Полногеномное картирование сайтов инициации транскрипции и структура промоторов
M. gallisepticum 74
Организация транскрипционных единиц в геноме M. gallisepticum 81
Некодирующие РНК в геноме M. gallisepticum 85
Транскрипционный ответ M. gallisepticum на стрессовые воздействия 86
Ингибиторный анализ транскрипционного ответа M. gallisepticum 103
3.3. Протеомный анализ M. gallisepticum 105
Анализ функционального протеомного ядра молликут в стрессовых воздействиях 105
Белковый ответ M. gallisepticum на стрессовые воздействия 108
3.4. Модель стрессовой адаптации M. gallisepticum 113
4. Заключение 115
5. Выводы 117
6. Список литературы 118
7. Список иллюстраций
