Введение
1 Зависимость процесса инициации транскрипции от структуры промотора 10
1.1. Влияние структуры ДНК на процесс регуляции функционирования промотора 11
1.2. Дополнительные элементы структуры промоторной ДНК, влияющие на активацию транскрипции 19
1.3. Особенности взаимодействия RNAP с промоторной ДНК 22
2 Основные принципы молекулярного взаимодействия регуляторных белков и промоторной ДНК в процессе транскрипции 24
2.1. Влияние структуры белка на процесс регуляции функционирования промотора 24
2.2. Позитивная регуляция транскрипции генов. Структура белка CRP 26
2.3. Классификация CRP-зависимых промоторов 29
2.4. Взаимодействие CRP и РНК-полимеразы при активации транскрипции с промоторов класса I и П 32
2.5. Дополнительные элементы структуры CRP и его гомологов, способные влиять на активацию транскрипции 35
2.6. Активация транскрипции в промоторах, содержащих несколько сайтов узнавания комплекса CRP-cAMP 37
2.7. Репрессия транскрипции комплексом CRP-cAMP 39
2.8. Строение и регуляция гена сгр 41
2.9. Катаболитная репрессия 42
2.10. Строение и регуляция гена суа 44
2.11. Негативная регуляция транскрипции генов 45
3 Особенности регуляции транскрипции генов катаболизма нуклеозидов 48
3.1. Регуляция транскрипции deo оперона 48
3.2. Регуляция транскрипции гена cytR 49
3.3. Структура белка CytR 50
3.4. Взаимодействие CytR и комплекса CRP-cAMP при регуляции транскрипции 53
3.5. Общая характеристика генов CytR регулона 56
4 Материалы и методы 61
4.1. Бактериальные штаммы, плазмиды и среды 61
4.2. Генно-инженерные методы 64
4.3. Конструирование рекомбинантных плазмид 67
4.4. Методы анализа рекомбинантных плазмид 68
4.5. Определение активности ферментов 70
5 Изучение структурно-функциональной организации промотора гена udp Е. coli 71
5.1. Получение мутаций в регуляторной области гена udp E.coli и их первичная характеристика 73
5.2. Изучение влияния структуры - 10 области на эффективность экспрессии промотора гена udp Е. coli 11
5.3. Изучение влияния мутаций в области блока Прибнова на экспрессию промотора udpP+ 79
5.4. Изучение влияния мутаций в 35 области и в области CRP-связывающих сайтов на экспрессию промотора udpP+ 81
5.5. Сравнительный анализ эффективности промоторов генов udp и lacZ 88
6. Изучение влияния структуры +1 области гена udp Е. coli на эффективность инициации транскрипции промотора 89
6.1. Уточнение точки инициации транскрипции гена udp Е. coli 90
6.2. Изучение функциональной значимости поли-Т структуры в области инициации транскрипции гена udp Е. coli. 95
