Введение
2. Обзор литературы "Этапы развития сравнительных гибридизационных методов и их место в современных структурно-функциональных исследованиях геномов и транскриптомов" 8
2.1. Вычитающая гибридизация - принцип метода 8
2.2 Вычитающая гибридизация без применения ПЦР 10
2.3 Вычитающая гибридизация с использованием ПЦР 14
2.4 Representational Differential Analysis и современное искусство вычитания 16
2.4.1. RDA - проблемы и пути их решения 18
2.4.2. Применение RDA в геномных сравнениях 19
2.4.3. Применение RDA для сравнения кДНК 21
2.4.4. Метил-чувствительный репрезентативный дифференциальный анализ (MS-RDA) 22
2.4.5. Направления усовершенствования RDA 24
2.4.6. Разделение фрагментированных геномов по длине - метод упрощения геномов 25
2.5. In Gel Competitive Reassociation - 1GCR " 27
2.6. Эпоха ПЦР-супрессии 28
2.6.1. Вычитающая гибридизация кДНК (Suppressive Subtractive Hybridization, SSH) 31
2.6.2. Вычитающая гибридизация геномных ДНК 36
2.6.3. Нормализация и истощение библиотек кДНК 39
2.6.4. Coincidence cloning 42 2.7 Заключение 53
3. Материалы и методы 54
3.1 Стандартные методики 54
3.2 Ткани, клеточные линии, штаммы, космиды 54
3.3 Компьютерный анализ 55
3.4 Методы, использованные в изучении геномного полиморфизма штаммов М. tuberculosis 56
3.5 Методы, использованные в изучении геномного полиморфизма байкальских сиговых 57
3.6 Методы, используемые при изучении метилирования локуса FXYD5-COX7A1 (Chr 19) 59
3.7 Методы, используемые для получения набора последовательностей M.tuberculosis, транскрибирующихся в легком мыши 63
3.8 Методы, используемые при изучении олигонуклеотидов с повышенным сродством к комплементарной матрице 65
4. Результаты и обсуждение 66
4.1 Вычитающая гибридизация близкородственных геномов 66
4.1.1. ПДРФ-вычитающая гибридизация 66
4.1.2. Полногеномное сравнение различных штаммов M.tuberculosis 71
4.1.3. Геномное сравнение близкородственных видов байкальских сиговых 96
4.2 Метод клонирования идентичных последовательностей 104
4.2.1.Метод клонирования идентичных последовательностей для анализа тканеспецифического метилирования протяженных геномных локусов 105
4.2.2 Rapid Identification of Genomic Splits 115
4.2.3. Распределение неметилированных сайтов в локусе FXYD5-COX7A1
хромосомы 19 в нормальной и опухолевой тканях легкого, а также клеточной линии А549 129
4.2.4. Анализ бактериального транскриптома внутриклеточных патогенов in vivo 138
4.3. Использование олигонуклеотидов с повышенным сродством к комплементарной матрице как зондов в молекулярной биологии 145
4.3.1 Комбинации SBO в качестве объединенных праймеров для секвенирования 148
4.3.2 Использование модифициролванных олигонуклеотидов в ПЦР 150
4.3.3.Использование модифицированных олигонуклеотидов в RAPD 152
5. Выводы 154
6. Список литературы
