Введение
ГЛАВА 1 Проблемы исследования структуры и свойств вирусных и мембранных белков (литературный обзор) 13
1.1 Сведения о структуре бактериофага Т4 13
1.2 Адсорбция бактериофага Т4 на бактерии 14
1.3 Длинные хвостовые фибриллы (ДХФ) 16
1.3.1 Функциональная роль ДХФ 16
1.3.2 Физико-химические характеристики белкового комплекса ДХФ 17
1.3.3 Структурная характеристика белков ДХФ 18
1.4 Короткие хвостовые фибриллы (КХФ) 21
1.4.1 Функциональная роль КХФ 21
1.4.2 Молекулярная организация КХФ 22
1.5 Бактериофаг phiKZ 24
1.6 Фаговая терапия. Энзибиотики 25
1.7 Мембранные белки 27
1.7.1 Бактериородопсин в пурпурных мембранах галобактерий 27
1.7.2 Структура и фотоцикл бактериородопсина 33
1.7.3 Экспрессия бактериородопсина в различных системах 38
1.7.4 Практическое применение бактериородопсина в технике 42
1.8 Методы теоретического исследования структуры белков 45
1.9 Вторичная структура белков 48
1.9.1 Варианты а-спирального coiled-coil 48
1.9.2 Элементы р-структуры в фибриллярных белках вирусов и бактериофагов 50
1.9.3 Элементы вторичной структуры в трансмембранных белках 51
1.10 Выводы по главе и постановка задач исследования 55
ГЛАВА 2 Материалы и методы исследований .59
2.1 Материалы, использованные в эксперименте по исследованию белков
бактериофагов Т4 и phiKZ (штаммы, ферменты, реактивы) 59
2.2 Материалы, использованные в эксперименте по исследованию бактериородопсина и его делеционных мутантов (штаммы, ферменты, реактивы) 61
2.3 Методы генной
инженерии .65
2.3.1 Методы генной инженерии, использованные в эксперименте по исследованию белков бактериофагов Т4 и phiKZ 65
2.3.2 Особенности методов генной инженерии, использованных при исследовании белка gp181 бактериофага phiKZ с помощью направленного делеционного мутагенеза 69
2.3.3 Методы генной инженерии, использованные
при исследовании бактериородопсина и его делеционных мутантов .72
2.4 Методы компьютерного анализа и биоинформатики, применяемые для теоретического исследования белков 85
2.4.1 Методы биоинформатики для исследования периодичности расположения аминокислот в фибриллярных белках бактериофага Т4 85
2.4.2 Вычислительные методы предсказания вторичной структуры мембранных белков по их аминокислотной последовательности .92
2.5 Заключение по главе 2 .95
ГЛАВА 3 Результаты исследований и их обсуждение .97
3.1 Исследование периодичности расположения аминокислот в фибриллярных белках и литических ферментах бактериофагов Т4 и phiKZ методами биоинформатики .97
3.2 Экспериментальное исследование белков систем инфицирования бактериофагов Т4 и phiKZ 108
3.3 Результаты предсказания вторичной структуры мембранных белков вычислительными методами по их аминокислотным последовательностям 119
3.4 Экспериментальное исследование бактериородопсина (bR) и его делеционных мутантов 135
Заключение 157
Список обозначений и сокращений .160
Список литературы
