Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы. роль генетических и эпигенетических факторов в обеспечении точности трансляции у эукариот 8
1.1. Характеристика процесса трансляции и типы ошибок, возникающих в ходе трансляции 8
1.2. Генетический контроль точности трансляции. Факторы, влияющие на считывание стоп кодонов 11
1.2.1. Роль мутантных и естественных нонсенс-супрессорных тРНК в считывании стоп-кодонов 11
1.2.2. Роль факторов терминации в распознавании стоп-кодонов. 13
1.2.3. Роль рРНК и рибосомных белков в поддержании точности трансляции 17
1.2.4. Роль факторов элонгации трансляции в поддержании точности трансляции 20
1.2.5. Роль компонентов системы деградации содержащих нонсенс-мутации мРНК?в поддержании точности трансляции 23
1.2.6. Роль белка РаЫ в поддержании точности трансляции 26
1.2.7. Влияние тоннельного белка рибосомы Rpl39 и связанных с рибосомой шаперонов на точность трансляции 26
1.2.8. Роль белков цитоскелета в регуляции точности трансляции. Новые функции факторов терминации трансляции 28
1.2.9. Другие факторы, влияющие на считывание стоп-кодонов .29
1.3. Эпигенетический контроль точности трансляции 31
1.3.1. Фактор [PSf] и его влияние на точность трансляции. Молекулярно-генетический и биохимический анализ свойств агрегатов белка Sup35 31
1.3.2. Белок-белковые взаимодействия Sup35 - влияние на поддержание и свойства фактора [PSt] 34
1.3.3. Взаимодействие фактора [PSt] с другими прионами 37
1.3.4. Эпигенетический детерминант [ISP+], вовлеченный в контроль точности трансляции 38
1.4. Заключение 40
ГЛАВА 2. Материалы и методы 42
2.1. Штаммы 42
2.2. Плазмиды и библиотеки генов 42
2.3. Среды и условия культивирования 50
2.4. Генетические методы 51
2.5. Молекулярно-генетические и биохимические методы 53
2.6. Математические и статистические методы 58
ГЛАВА 3. Результаты 61
3.1. Идентификация генов, влияющих на фенотипическое проявление и поддержание детерминанта [ISP+] 61
3.1.1. Использование центромерной библиотеки для выявления генов, влияющих на фенотипическое проявление и поддержание детерминанта [ISP+] 61
3.1.2. Анализ вставок геномной ДНК, изолированных в составе плазмид YCp50-4, YCp50-71, YCp50-73, YCp50-106, YCp50-107 и YCp50-l 14 63
3.1.3. Анализ вставок геномной ДНК, изолированных в составе плазмид YCp50-l 15, YCp50-165, YCp50-231 65
3.2. Идентификация криптических мутаций в гене SUP45,
влияющих на фенотипическое проявление [ISP+] 67
3.2.1. Аллель дикого типа гена SUP45, вносимая на центромерной плазмиде, приводит к маскировке фенотипического проявления [ISP+] 67
3.2.2. Хромосомная аллель гена SUP45 из штамма 4В-П4482 содержит мутацию 69
3.2.3. Штамм [ISP+], несущий мутацию sup35-10, также содержит мутацию в гене SUP45 70
3.2.4. Мутации sup45-400 и sup45-75 не имеют самостоятельного супрессорного эффекта 71
.3. НаІЗ-Ppzl -зависимая регуляция точности трансляции и ее влияние на проявление и свойства детерминанта [ISP+] 72
3.3.1. Сверхэкспрессия гена HAL3 вызывает аллосупрессию в штаммах [ISP+] 72
3.3.2. Сверхэкспрессия гена PPZ1 оказывает антисупрессорный эффект в штаммах [isp~], опосредованный каталитической функцией фосфатазы Ppzl 74
3.3.3. Делеция гена HAL3 обладает антисупрессорным эффектом по отношению к мутации sup35-25 в [isp~] штаммах 77
3.3.4. Делеция гена PPZ1 в [ISP+] штаммах приводит к слабому нонсенс-супрессорному эффекту. Поиск альтернативных мишеней белка На13 79
3.3.5. Аллосупрессорный эффект сверхпродукции белка На13 опосредован его взаимодействием с Ppzl и ингибированием каталитической активности этой фосфатазы 83
3.3.6. Сверхэкспрессия фактора элонгации трансляции eEFlBa, являющегося мишенью фосфатаз Ppz, имеет антисупрессорный эффект в штаммах [isp~] 85
3.3.7. [ISP*] и [isp~] штаммы содержат разное количество белка На13 87
.4. Элиминация [ISP+] под действием GuHCl является На13 - зависимой 88
3.4.1. Эффективность излечивания хлоридом гуанидина детерминанта [ISP+] значительно ниже, чем фактора [PSt\ 88
3.4.2. [ISP+] и [isp~] штаммы различаются по чувствительности к GuHCl 89
3.4.3. GuHCl обладает излечивающим эффектом в отношении детерминанта [ISP+] 91
3.4.4. Делеция гена HAL3 приводит к чувствительности штаммов к хлориду гуанидина и блокирует способность детерминанта [ISP+] 96
3.4.5. Мутации hal3, влияющие на способность На13 взаимодействовать с фосфатазой Ppzl и ингибировать ее активность, приводят к чувствительности роста несущих их штаммов к действию GuHCl и обуславливают их конститутивный антисупрессорный фенотип, несмотря на действие GuHCl 98
3.4.6. Штаммы [isp~\ более устойчивы, по сравнению со штаммами [ISP+], к аминогликозидным антибиотикам и хлориду лития 100
3.5. Делеция гена HALS снижает эффективность излечивания хлоридом гуанидина фактора [PSt] 102
ГЛАВА 4. Обсуждение 104
Выводы 126
Список литературы
