Введение
Глава 1. Методы анализа данных 9
Методы парного выравнивания аминокислотных последовательностей 9
Множественные выравнивания последовательностей 13
Глобальные выравнивания трехмерных структур белковых молекул 14
Методы нахождения локального сходства белковых структур 17
Глава 2. Базы данных 21
База данных SwissProt 21
Банк данных PDB 23
Базы данных укладок белковых цепей 25
Базы данных семейств гидролаз 26
Базы данных каталитических центров ферментов 27
База данных HSSP 28
Глава 3. Материалы и методы 31
Базы данных 31
Программное обеспечение 31
Списки белков с заданным каталитическим центром 32
Белковые структуры для процедуры поиска 32
Белковые структуры для составления шаблонов 33
Глава 4. Метод построения структурных шаблонов 34
Направления улучшения существующих методов 34
Использование геометрических инвариантов 37
Построение набора независимых селективных ограничений 38
Примеры поисковых шаблонов 41
Глава 5. Использование консервативности для идентификации каталитического центра 46
Влияние изоморфных замен на значения энтропии Шеннона 49
Влияние числа белков в выборке при выравнивании на количество консервативных остатков 50
Влияние степени идентичности последовательностей в выравнивании на консервативность каталитических остатков 52
Энтропия Шеннона каталитических остатков 53
Глава 6. Результаты поиска каталитических центров 55
Чувствительность и селективность поиска 56
Сравнение с аннотациями базы данных SwissProt 61
Глава 7. Иерархическая классификация каталитических центров гидролаз и база данных на се основе 63
Использование метода идентификации каталитических центров для создания базы данных 63
Иерархическая классификация каталитических центров 65
Информация, предоставляемая базой данных 67
Инструменты анализа данных 69
Пример - конвергентная эволюция гидролаз с триадой Cys-His-Asp 70
Глава 8. Основные классы каталитических центров гидролаз 72
Гидролазы с карбоксильной группой в каталитическом центре 73
Цистеиновые гидролазы 77
Гистидиновые гидролазы 81
Металло-зависимые гидролазы 83
N-концевые пролиновые гидролазы 89
Сериновые гидролазы 89
Треониновые гидролазы 93
Тирозиновые гидролазы 94
Гидролазы с участием субстрата в каталитическом акте и кофактор зависимые гидролазы 95
Количественные оценки распределения гидролаз по типам каталитических центров 98
Выводы 100
Список литературы 101
