Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 11
1.1. История, развитие и характеристика молекулярных маркеров 11
1.1.2. Появление ДНК маркеров 13
1.1.2.1 RFLP (restriction fragment length polymorphism) — полиморфизм длины рестрикционных фрагментов 14
1.1.2.2. Минисателлиты (minisatellites) 15
1.1.3. Молекулярные маркеры, основанные на методе ПЦР 15
1.1.3.1. Микросателлиты (microsatellites) 15
1.1.3.2. RAPD и производные методы 16
1.1.4. Полиморфизм последовательностей ДНК 18
1.1.4.1. Полиморфизм единичных нуклеотидов - SNP (single nucleotide polymorphism) 19
1.1.4.2. Секвенирование ДНК 20
1.1.4.3. Маркеры на основе последовательностей транскриптонов (EST) 20
1.2. Практическое значение молекулярно-генетических маркеров 23
1.2.1 Геномный анализ и селекция растений 23
1.2.2. Поиск «генов-кандидатов» с использованием генетической карты 24
1.2.3. Геномика и eQTL (ExpressQTL) 25
1.2.4. Изучение генетических перестроек, произошедших в процессе эволюции 25
1.2.5. Филогенетические исследования 27
1.3. Филогенетический анализ, основанный на анализе нуклеотидных последовательностей ДНК 28
1.3.1. Методы дифференциального гель-электрофореза 29
1.3.2. Свойства молекулярно-генетического маркера 30
1.3.3. Последовательности хлоропластной ДНК в качестве молекулярно-генетических маркеров 32
1.3.3.1. Хлоропластный геном 32
1.3.3.2. Скорость эволюции хлоропластной ДНК 36
1.3.3.3. Использование хлоропластной ДНК в филогении растений 38
1.3.4. Молекулярно-генетические маркеры, основанные на ядерных последовательностях 41
1.5. Филогения видов рода iris l 46
1.6. Филогения видов рода triticuml. 49
ГЛАВА 2. Материал и методы 55
2.1. Растительный материал 55
2.2. Выделение и очистка суммарной днк из растений 58
2.3. Rapd анализ 59
2.4. Амплификация определенных фрагментов днк методом полимеразнои цепной реакции (пцр) 60
2.5. Электрофорез продуктов пцр в агарозном геле, их выделение и очистка ..61
2.6. Клонирование фрагментов днк, полученных методом пнр 62
2.7. Выделение плазмидной днк 64
2.8. Определение нуклеотиднои последовательности клонированных фрагментов 65
2.9. Филогенетический анализ 65
ГЛАВА 3. Результаты и обсуждение 67
3.1. Использование «непрямых» молекулярно-генетических маркеров для реконструкции филогении 67
3.1.1. RAPD анализ сибирских видов рода Iris 67
3.2. Использование в качестве молекулярных маркеров нуклеотидных последовательностей хлоропластной ДНК 73
3.2.1. Поиск ДНК маркера для реконструкции филогении рода Iris 74
3.2.2. TrriT - trnF район хпДНК как маркер для реконструкции филогении 76
3.2.2.1. Филогения рода Iris 76
3.2.2.2. Филогения рода Triticum 83
3.2.3. 7>иАГинтрон с внутренним matK геном хпДНК как маркер для реконструкции филогении 86
3.2.3.1 Построение филогении рода Triticum: анализ нуклеотидных последовательностей 86
3.2.3.2. Анализ топологии филогенетического древа 90
3.3 Использование ядерной днк как молекулярного маркера 96
3.3.1. Специфическая амплификация В генома пшениц 96
3.3.2. Происхождение А генома пшениц 101
3.3.3. Основные дополнения в эволюционном сценарии и происхождении видов рода Triticum 106
Заключение 107
Выводы 109
Список литературы
