Введение
4 Криоэлектрокная микроскопия «одной частицы» в исследовании структуры макромолекул 7
4. 1 Метод криоэлектронной микроскопии «одной частицы» и его перспективы 7
4.1.1 Принцип криоэлектронной микроскопии «одной частицы» 8
4.1.2. Суть метода крио-ЭМ «одной частицы» 11
4.1.3. Микроскопы, различия и особенности 15
4.1.4. Оценка качества полученных микрофотографий 17
4.1.5. Выбор частиц 17
4.1.6. Коррекция частотно-контрастной характеристики 20
4.1.7. Выравнивание частиц (Alignment) 23
4.1.7.1. Выравнивание частиц без использования образца 24
4.1.7.2. Выравнивание с использованием репроекций, полученных на базе известной трехмерной реконструкции 25
4.1.8. Множественный статистический анализ 26
4.1.8.1. Сжатие данных и их классификация после выравнивания частиц. 26
4.1.9. Определение углов и построение трехмерной модели 28
4.1 10. Интерпретация данных крио-ЭМ путем сравнения с данными рентгеноструктурного анализа 34
4.1.11. К вопросу о разрешении в методе крио-ЭМ 3 5
4.1.12. Ограничения метода и способы их преодоления 37
4.2. Применение крио-ЭМ в исследовании структуры рибосом и рибосомных комплексов 38
4.2.1. Инициация трансляции 42
4.2.2. Элонгация трансляции 43
4.2.3. Терминация трансляции 46
4.2.3.1. Декодирование стоп сигнала и высвобождение (путем активации гидролиза) растущего полипептида с пептидил-тРНК в Р участке 48
4.2.3.2. Фактор терминации второго класса вызывает высвобождение факторов терминации первого класса 57
5. Исследование различных функциональных комплексов рибосом методом криоэлектронной микроскопии 59
5.1. Изучение структурных перестроек в мутантных 50S субчастицах рибосом E.coli 59
5.2. Изучение структуры комплекса белка FfhM с рибосомой 62
5.3. Изучение структуры комплекса фактора терминации RP2 с рибосомой 64
5.4. Изучение структуры комплекса фактора терминации RF3 с рибосомой 72
6. Материалы и методы 82
Выделение комплекса FfliM-рибосома методом аффинной хроматографии 92
Выводы 94
Список литературы 95
