Введение
Глава 1. Обзор литературы 8
1.1. Проблема сворачивания белка 8
1.2. Модели сворачивания белка 11
1.3. Промежуточные состояния белковой молекулы, реализующиеся в процессе ее сворачивания 15
1.4. Переходное состояние и ядро сворачивания белка 20
1.5. Характеристика объекта исследования 28
Глава 2. Материалы и методы 34
2.1. Материалы 34
2.2. Приборы, параметры и условия измерений 35
2.3. Биохимические методы 39
2.3.1. Экспрессия генов 39
2.3.2. Выделение и очистка белков 40
2.4 Физические методы исследования 41
2.4.1. Абсорбционная спектроскопия 42
2.4.2. Флуоресцентная спектроскопия 43
2.4.3. Круговой дихроизм 45
2.4.4. Сканирующая микрокалориметрия 47
Глава 3. Разработка подхода к анализу кинетических данных для белков с промежуточным состоянием на примере апомиоглобина 50
3.1. Экспрессия и выделение апомиоглобина и его мутантных форм 50
3.2. Выбор условий для равновесных и кинетических исследований апомиоглобина 54
3.3. Исследование равновесных свойств апомиоглобина при 11С,рН6.2 63
3.4. Исследование кинетики сворачивания/разворачивания апомиоглобина 65
3.5. Построение и анализ зависимостей констант скоростей сворачивания/разворачивания апомиоглобина от концентрации денатуранта 70
3.6. Анализ зависимости констант скоростей сворачивания/разворачивания от концентрации денатуранта в случае отсутствия загиба на ветви сворачивания 75
3.7. Построение зависимостей свободной энергии состояний апомиоглобина от концентрации денатуранта 77
Глава 4. Исследование мутантных форм апомиоглобина 81
4.1. Выбор аминокислотных замен для исследований ядра сворачивания апомиоглобина 81
4.2. Исследование равновесного процесса разворачивания мутантных форм апомиоглобина 84
4.3. Кинетическое исследование процессов сворачивания и разворачивания мутантных форм апомиоглобина 87
Заключение 93
Выводы 95
Список цитируемой литературы 97
