Введение
Глава 1. Обзор литературы 12
1.1. Метилирование ДНК 12
1.1.1. Количество и распределение динуклеотидов CpG в геноме 14
1.1.2. Профили метилирования 16
1.1.3. Ферменты метилирования 18
1.1.4. Метилирование генома как динамический процесс 19
1.1.5. Влияние метилирования ДНК на структуру хроматина 21
1.1.6. Методы анализа метилирования ДНК 26
1.2. Молекулярно-генетические механизмы канцерогенеза 31
1.2.1. Гены, вовлечённые в канцерогенез 33
1.2.2. Гены-супрессоры опухолевого роста 34
1.2.3. Гены, регулирующие клеточный цикл 38
1.2.4. Метилирование генов, вовлеченных в канцерогенез 42
1.2.5. Метилирование ДНК, как характеристика опухолевого процесса 51
Глава 2. Материалы и методы 57
2.1. Клинический материал , 57
2.2. Заборкровии операционного материала 58
2.3. Выделение геномной ДНК 58
2.4. Рестрикционный анализ , 59
2.5. Метил-чувствительная ПЦР (МЧ-ПЦР) 59
2.6. Обработка ДНК бисульфитом натрия 62
2.7. Метил-специфическая ПЦР (МС-ПЦР) 63
2.8. Электрофорез в ПААГ 64
2.9. Ультратонкое окрашивание нитратом серебра. 64
2.10. Определение нуклеотидной последовательности 64
2.11. Программное обеспечение 65
2.12 Статистическая обработка данных 65
Глава 3. Результаты и их обсуждение 66
3.1. Метилирование исследуемых генов в нормальных тканях 66
3.2. Сравнение метилирования исследуемых генов в различных типах опухолей 69
3.3. Аномальное деметилирование гена IGF2 при разных типах опухолей 76
3.4. Характеристика гипотетического «метилотипа» при НМРЛ, РМЖ, ретинобластоме и ОЛ 80
3.5. Исследование аномального метилирования локуса INK4a/ARF на примере CpG-островков, расположенных в промоторных областях генов р16 и pl4/ARF. 86
3.6. Исследование ассоциации метилирования промоторных областей изучаемых генов-супрессоров опухолевого роста с клиническими параметрами опухолей (НМРЛ, ретинобластомы и ОЛ) 95
3.6.1. Ассоциации метилирования с клинико-патологическими характеристиками образцов НМРЛ 96
3.6.2. Ассоциации метилирования с клинико-патологическими характеристиками образцов ОЛ 99
3.6.3. Ассоциации метилирования с клинико-патологическими характеристиками образцов ретинобластомы 101
3.6.4. Ассоциации метилирования с клинико-патологическими характеристиками образцов Рмж 102
Заключение 104
Выводы 106
Список литературы 107
