Введение
1. Современное состояние вопроса 13
1.1. Исходные данные .14
1.1.1. Гибридный подход МД-моделирования 17
1.1.2. Потенциал Терсоффа .19
1.1.3. Параметры межатомного потенциала 21
1.2. Методы и объект исследования .22
1.2.1. Классическое МД моделирование 22
1.2.2. Потенциал Леннарда-Джонса 24
1.2.3. Пакет DL POLY .25
1.2.4. Шаги реализации процесса МД – моделирования 27
1.3. Выводы .36
2. Результаты мд моделирования молекулярных систем нуклеотиды-наночастицы-УНТ 38
2.1. МД-расчет связей Нуклеотиды-НЧ золота в матрице УНТ .41
2.2. Энергии угловых и дигедральных (торсионных) связей системы Н-НЧ в матрице УНТ .47
2.3. Расчет полной потенциальной энергии системы Н-НЧ-УНТ 51
2.4. Выводы .52
3. Результаты мд моделирования молекулярных систем нуклеотидная цепочка-наночастицы-УНТ 53
3.1. МД-расчет связей НЦ-НЧ золота в матрице УНТ с
открытыми границами. 55
3.1.1. Взаимное расположение НЦ-НЧ в УНТ с открытыми границами 57
3.1.2. Результаты МД вычислений распределения контактов и энергий связей НЦ-НЧ в матрице УНТ с открытыми границами 58
3.1.3. Анализ распределения связей и энергий внутримолекулярных колебаний НЦ с вариацией режимов нагрева системы НЦ-НЧ-УНТ 63
3.2. Результаты МД моделирования связей НЦ–НЧ, взаимодействующие в УНТ с периодическими границами .69
3.2.1. Результаты МД вычислений распределения связей НЦ-НЧ в матрице УНТ с открытыми границами 70
3.2.2. Результаты МД вычислений энергий угловых и торсионных связей для периодических систем НЦ-НЧ-УНТ 73
3.2.3. Выводы 77
4. Результаты мд моделирования молекулярных систем пептиды-наночастицы-УНТ 77
4.1. МД моделирование молекулярных систем пептиды-НЧ- УНТ.. 77
4.1.1. МД-расчет взаимодействия пептидных цепочек с НЧ золота в матрице УНТ 78
4.1.2. МД моделирование эффектов влияния НЧ золота на процесс инкапсуляции пептидных цепей внутри УНТ .82
4.1.3. МД моделирование эффектов парных корреляций НЧ золота на процесс инкапсуляции пептидных цепей внутри УНТ
4.2. МД-расчет процессов взаимодействия молекулы ДНК с УНТ 88
4.3. Выводы 92
Основные результаты и выводы 93
Список сокращений 95
Список опубликованных работ
