Введение
1. Список условных обозначений 4
2. Введение 6
3. Обзор литературы 8
3.1. Структура рибосомного белка S4 9
3.2.1. Взаимодействие рибосомного белка S4 с 16S рРНК 15
3.2.2. Термодинамика связывания рибосомного белка S4 с 16S рРНК 18
3.2.3. Термодинамика бинарных комплексов BstS4-Bst16S рРНК 21
3.2.4. Изучение участка взаимодействия белка EcoS4 с Eco16S рРНК с помощью селекции 28
3.3.1. Регуляция трансляции оперонов рибосомных белков 35
3.3.2. Регуляция трансляции сс-оперона белком S4 36
4. Результаты и обсуждение 42
4.1.1. Клонирование и выделение рибосомного белка EcoS7 из Е. coli. 42
4.2.1. Определение активности белка EcoS7 при взаимодействии с фрагментом Eco16SpPHK 43
4.2.2. Оценка термодинамических параметров комплексообразования EcoS7 с Eco16SpPHK 49
4.2.3. Изучение взаимодействия белка TthS7 с фрагментом Eco16S рРНК 52
4.3.1. Делеционный анализ межцистронного фрагмента S12-S7 sfrмРНК Е. coli..55
4.3.2. Изучение взаимодействия белка TthS7 с делеционными фрагментами EcoStr мРНК 59
4.3.3. Сравнение свойств комплексов EcoS7 с Eco16S рРНК и с EcoStr мРНК 60
Исследование термодинамики бинарных комплексов РНК и рибосомного белка S7 эубактерий
4АЛ. Селекция РНК-аптамеров на основе фрагмента EcoStr мРНК к белку EcoS7. 62
4.4.2. Селекция РНК-аптамеров на основе фрагмента EcoStr мРНК к белку TthS7. 63
4.5. Изучение структуры и температурных конформационных превращений белков EcoS7 и TthS7 методами дифференциальной сканирующей калориметрии (ДСК) и компьютерной молекулярной динамики (МД) 69
5. Экспериментальная часть 83
5.1. Использованные штаммы микроорганизмов и реактивы 83
5.2. Использованные методы 84
6. Выводы 97
7. Список литературы
