Введение
Глава 1. Исторический очерк исследований энтомопатогенных нематод и их симбиотических бактерий
1.1. Основные компоненты и особенности комплекса «энтомопатогенные нематоды –симбиотические бактерии »
1.1.1. Особенности организации энтомопатогенных нематод и их положение в системе нематод
1.1.2. Жизненный цикл энтомопатогенных нематод
1.1.2.1. Особенности жизненного цикла штейнернематид
1.1.2.2. Особенности жизненного цикла гетерорабдитид
1.1.2.3. Сравнительный анализ адаптаций штейнернематид и гетерорабдитид
1.1.3. Применение в сельском хозяйстве
1.2. Таксономическое разнообразие энтомопатогенных нематод
1.3. Таксономия бактерий, симбиотически связанных с энтомопатогенными нематодами
1.3.1. Неспецифические бактерии энтомопатогенных
нематод
1.4. Современные представления о функциональных механизмах симбиотической системы «энтомопатогенные нематоды-бактерии»
1.4.1. Основные особенности симбиоза энтомопатогенных нематод и бактерий
1.4.2. Смена фаз в развитии симбиотических бактерий энтомопатогенных нематод
1.4.3. Генетические основы подавления симбиотическими бактериями иммунной системы насекомого-хозяина
1.4.4. Адаптации, обеспечивающие функционирование симбиотической системы «энтомопатогенные нематоды - симбиотические бактерии»
1.4.4.1. Адаптации, обеспечивающие перенос клеток симбиотических бактерий энтомопатогенными нематодами
1.4.4.2. Бактериальные гены, требуемые для колонизации
Глава 2. Материалы и методы иследования 51
2.1. Изучение таксономического разнообразия энтомопатогенных нематод 51
2.1.1. Выделение новых изолятов энтомопатогенных нематод 52
2.1.2. Определение таксономической принадлежности энтомопатогенных нематод 56
2.1.3. Изучение тонкой морфологии поверхности нематод 57
2.1.4. Изучение морфологии энтомопатогенных нематод 58
2.2. Получение нуклеотидных последовательностей энтомопатогенных нематод 59
2.2.1. Проведение полимеразной цепной реакции 60
2.2.2. Очистка полученных продуктов ДНК 62
2.2.3. Метод векторного клонирования 64
2.3. Изучение таксономического состава симбиотических бактерий 65
2.3.1 Выделение чистой культуры микроорганизмов 67
2.4. Получение нуклеотидных последовательностей бактерий 71
2.4.1. Приготовление неочищенного бактериального экстракта для ПЦР 71
2.4.2. Амплификация с помощью ПЦР 16S ДНК 72
2.4.3. Очистка продуктов ПЦР 74
2.5. Хранение культуры симбиотических бактерий 77
Глава 3 Результаты изучения симбиотических пар энтомопатогенная нематода – бактерия 79
3.1 Исследованные виды энтомопатогенных нематод семейства Steinernematidae и их симбиотические бактерии 79
3.1.1. Steinernema arenarium (Artyukhovsky, 1967) Wouts, Mracek, Gerdin, Bedding, 1982 79
3.1.2. Изученные изоляты Steinernema bicornutum Talossi, Peters, Ehlers, 1995 81
3.1.3. Steinernema carpocapsae (Weiser, 1955) Wouts, Mracek, Gerdin, Bedding, 1982 82
3.1.4. Изученные изоляты Steinernema ceratophorum Jian, Reid, Hunt, 1997 84
3.1.5. Steinernema cholashanense Nguyen, Puza, Mrcek, 2008 85
3.1.6. Steinernema costaricense Uribe-Loro, Mora, Stock, 2007 86
3.1.7. Steinernema everestense Khatri-Chhetri, Waeyenberge, Spiridonov, Manandhar, Moens, 2011
3.1.8. Изученные изоляты Steinernema feltiae (Filipjev, 1934) Wouts, Mracek, Gerdin, Bedding, 1982
3.1.9. Изученные изоляты Steinernema kraussei (Steiner, 1923) Travassos, 1927
3.1.10. Steinernema monticolum Stock, Choo, Kaya, 1997
3.1.11. Steinernema schliemannii Spiridonov, Waeyenberge, Moens, 2010
3.1.12. Steinernema siamkayai Stock, Somsook, Reid, 1998
3.2. Исследованные энтомопатогенные нематоды, не определенные до вида, и их симбиотические бактерии
3.3. Исследованные виды энтомопатогенных нематод семейства Heterorhabditidae и их симбиотические бактерии
3.3.1. Heterorhabditis megidis Poinar, Jackson, Klein, 1987
3.4. Выделение чужеродных (не симбиотических бактерий) из энтомопатогенных нематод
Глава 4. Анализ филогенетических отношений изученных энтомопатогенных нематод и их симбиотических бактерий
4.1. Филогенетические взаимоотношения изученных энтомопатогенных нематод выделенных из точек изолятов
4.1.1. Анализ филогенетических взаимоотношений изученных изолятов энтомопатогенных нематод рода Steinernema
4.1.2. Анализ филогенетических взаимоотношений изученных изолятов энтомопатогенных нематод рода Heterorhabditis
4.1.3. Генетическая близость, различных географических энтомопатогенных нематод
4.2. Филогенетические взаимоотношения изученных штаммов бактерий, выделенных из энтомопатогенных нематод
4.2.1. Анализ филогенетических деревьев симбиотических бактерий рода Xenorhabdus, построенных по последовательностям 16S
4.2.2. Анализ филогенетических деревьев симбиотических бактерий рода Xenorhabdus, построенных по последовательностям гена RecA
4.2.3. Анализ филогенетических деревьев симбиотических бактерий рода Xenorhabdus, построенных по последовательностям гена SerC
4.2.4. Анализ филогенетических деревьев симбиотических бактерий рода Photorhabdus, построенных по последовательностям 16S
4.2.5. Нуклеотидные различия между штаммами симбиотических бактерий рода Xenorhabdus
4.2.5.1. Нуклеотидные различия между штаммами Xenorhabdus bovienii по последовательности 16S ДНК
4.2.5.2. Нуклеотидные различия между штаммами видов Xenorhabdus: X. kozodoii, X. stockiae, X. ehlersii, X. griffinae и X. budapestensis по последовательности 16S ДНК
4.2.5.3. Нуклеотидные различия между штаммами видов Xenorhabdus: X. nematophila, X. miraniensis, X. szentirmai, X. mauleonii, X. doucetiae, X. beddingii, X. cabanillasi, X. hominickii, X. koppenhoeferi и X. japonica по последовательности 16S ДНК
4.2.5.4. Нуклеотидные различия между штаммами вида Xenorhabdus bovienii по гену RecA
4.2.5.5. Нуклеотидные различия между штаммами видов Xenorhabdus: X. stockiae, X. budapestensis, X. japonica, X. beddingii, X. ehlersii, X. griffiniae, X. romanii, X. kozodoii по гену RecA
4.2.5.6. Нуклеотидные различия между штаммами видов Xenorhabdus bovienii, X. budapestensis, X. stockiae, X. kozodoii по гену SerC
4.2.6. Анализ нуклеотидных данных по штаммам симбиотических бактерий энтомопатогенных нематод
4.2.7. Специфичность симбиотической связи между энтомопатогенными нематодами и их бактериями
Заключение
Выводы
Список использованной литературы
