Введение
Глава 1 - Обзор литературы 8
1.1 Сеть регуляции транскрипции и ее уровни 8
1.2 Идентификация регуляторных элементов транскрипционной сети 9
1.3 Путь утилизации этаноламина 12
1.4 Регуляторные блоки в сетях регуляции транскрипции 17
Глава 2 - Материалы и методы 23
2.1 Исследованные геномы 23
2.2 Программное обеспечение и базы данных 29
Глава 3 - Предсказание регуляторных элементов транскрипционной сети на примере пути деградации этаноламина 31
3.1 Поиск ортологов генов утилизации этаноламина 31
3.2 Эволюция системы утилизации этаноламина 40
3.3 Регуляция утилизации этаноламина 48
Глава 4 - Эволюция регуляторных блоков на примере блока треугольник 58
4.1 Определение локальных и глобальных транскрипционных факторов 58
4.2 Функциональная аннотация треугольников 61
4.3 Эволюция регуляторного блока типа треугольник в близкородственных организмах на примере штаммов Escherichia coli 61
4.4 Эволюция регуляторного блока типа треугольник в Enterobacteriales 67
Обсуждение 76
Выводы 79
Список публикаций по теме диссертации 81
Список литературы 82
