Введение
Глава 1. Принципы самоорганизации белковых и пептид-полимерных структур 11
1.1. Пептиды и их строение 11
1.2. Пространственная структура белков 15
1.3. Термодинамика формирования пространственной структуры белков . 18
1.4. Амилоиды и амилоидные фибриллы 22
1.5. "Молекулярные химеры" и принципы их построения 22
1.6. Гибриды тиофенов и пептидов 24
Глава 2. Некоторые методы компьютерного моделирования и анализа 28
2.1. Методы молекулярной динамики и механики 28
2.2. Методы расчета свободной энергии 32
2.3. Молекулярные поверхности 34
Глава 3. Изучение гидратации аминокислот у поверхности воды 36
3.1. Введение 36
3.2. Постановка задачи 37
3.3. Методы расчёта 37
3.4. Результаты и обезждение 41
3.5. Выводы к главе 52
Глава 4. Анализ распределения звеньев в глобулярных белках 56
4.1. Введение 56
4.2. Постановка задачи 57
4.3. Создание набора белков 57
4.4. Методы расчётов 59
4.5. Зависимость статистики от размера белков 61
4.6. Статистический анализ доступных поверхностей аминокислот 64
4.7. Корреляции с экспериментальными шкалами гидрофобности 68
4.8. Факторы, влияющие на распределения аминокислот 79
4.9. Выводы к главе 80
Глава 5. Самоорганизующиеся тиофен-пептидные диблок олигомеры 83
5.1. Введение 83
5.2. Постановка задачи 86
5.3. Рациональный компьютерный дизайн моделей 87
5.4. Моделирование однослойных фибрилл в объёме 95
5.5. Моделирование на подложке, виртуальная АСМ 100
5.6. Моделирование двуслойных фибрилл 101
5.7. Упорядочение тиофеновых сегментов 107
5.8. Сравнение эксперимента и моделирования 112
5.9. Выводы к главе 111
Заключение 118
Литература 121
Приложение
