Введение
Глава 1 Литературный обзор 8
1.1 Методы исследования самосборки белков 8
1.2 Двухбуквенная HP модель амфифильного сополимера 16
1.3 Макромолекулы с амфифильными мономерными звеньями 34
1.3.1 Классификация амфифильных звеньев на основе экспериментальных данных 34
1.3.2 Математическое моделирование макромолекул, амфифильных на уровне мономерного звена 40
1.4 Взаимодействие сферической коллоидной частицы, моделирующей белок, с полимерной щеткой 54
Глава 2. Исследование амфифильных макромолекул, обладающих вторичной структурой 65
2.1 Модель и метод исследования 65
2.2 Влияние радиуса действия потенциала и скорости охлаждения на конформационные свойства сополимера из амфифильных и гидрофильных звеньев 68
2.3. Компьютерное моделирование хирального сополимера из амфифильных и гидрофильных звеньев 90
Глава 3. Взаимодействие глобулярного белка с поверхностью защищенной пришитым полимерным слоем 94
3.1 Модель и техника компьютерного моделирования 94
3.1.1 Метод Вставки Видома 98
3.1.2 Метод "зонта" (Umbrella sampling) 99
3.1.3 Сравнение эффективности методов расчета энергии взаимодействия белка с полимерной щеткой 108
3.2 Взаимодействие сферической коллоидной частицы, моделирующей белок с полимерной щеткой 110
Заключение 116
