Введение
1 Теоретические Методы 16
1.1 Уравнение Шредингера 16
1.2 Приближение Борна-Оппенгеймера 18
1.3 Ограничения на волновую функцию 19
1.4 Теория Харти-Фока 20
1.5 Теория Функционала Плотности 32
1.6 Потенциал молекулярной механики 38
1.7 Молекулярная динамика 40
2 Степени свободы в полипептидах и белках 42
2.1 Введение 42
2.2 Конформационные свойства полипептидов аланина 46
2.2.1 Определение крутильных степеней свободы полипептида 46
2.2.2 Оптимизированные геометрии полипептидов аланина 47
2.2.3 Зависимость энергии полипептида от двугранного угла и) 48
2.2.4 Поверхность потенциальной энергии трипептида аланина
2.2.5 Поверхность потенциальной энергии гексапептида аланина в конформации листа 57
2.2.6 Поверхность потенциальной энергии гексапептида аланина в конформации спирали 59
2.2.7 Сравнение результатов расчета с экспериментальными данными 61
2.3 Конформационные переходы в три- и гексапептидах глицина 68
2.3.1 Оптимизированные геометрии полипептидов глицина 68
2.3.2 Поверхность потенциальной энергии трипептида глицина 69
2.3.3 Поверхность потенциальной энергии гексапептида глицина в конформации листа 74
2.3.4 Поверхность потенциальной энергии гексапептида глицина в конформации спирали 79
2.3.5 Сравнение результатов расчета с экспериментальными данными 82
3 Статистическая модель 88
3.1 Гамильтониан полипептидной цепи 89
3.2 Статистическая сумма 93
3.3 Термодинамические характеристики полипептида 100
4 Фазовые переходы в полипептидах 103
4.1 Точность потенциала молекулярной механики 103
4.2 Поверхность потенциальной энергии полипептидов аланина 105
4.3 Фазовый переход а-спираль-Н-статистический клубок в полипептидах аланина 107
4.3.1 Внутренняя энергия полипептида 107
4.3.2 Теплоемкость полипептидов аланина 111
4.3.3 Расчет параметров Цимма-Брагга 113
4.3.4 Спиральность полипептидов аланина 116
4.3.5 Корреляции разных аминокислот в полипептиде 118
5 Сворачивание полипептидов и белков в водной среде 120
5.1 Введение 120
5.2 Теоретические методы 123
5.2.1 Статсумма белка 123
5.2.2 Статистическая сумма белка в водной среде 128
5.3 Результаты и дискуссия 134
5.3.1 Теплоемкость стафилококковой нуклеазы 134
5.3.2 Теплоемкость метмиоглобина 142
Заключение 146
Публикации автора по теме диссертации 150
Список литературы
