Введение
Глава 1. Литературный обзор 9
1.1. Строение и механизм действия сериновых протеаз 9
1.1.1. Строение активного центра сериновых протеаз 9
1.1.2. Механизм действия сериновых протеаз типа трипсина и хемотрипсина 12
1.1.3. Участие имидазольного кольца гистидина в каталитическом цикле 14
1.1.4. Водородные связи в каталитической триаде , 15
1.1.5. Теоретическое моделирование реакции гидролиза пептидной связи в активном центре сериновых протеаз vj
2.1 Соединения меди с молекулами СОа, CS2 и OCS 18
2.1.1. Реакции меди сСОа 20
2.1.2. Реакции меди с OCS 25
2.1.3. Реакции меди с CS2 27
1.3 Строение координационной сферы цинка в активном центре белка NCp7 29
1,4, ДНК алкшіирующие агенты на основе комплексов платины и их свойства 34
1-4.1. Механизм действия комплексов платины на примере цисплатина 35
1.4-2. Взаимодействие комплексов платины (IV) с биомолекулами 40
1.5- Методы моделирования механизмов реакций в
биохимических системах, использованные в данной работе... 43
Глава 2. Построение профиля ППЭ и механизм реащии гидролиза субстрата, катализируемой серинооыми протеазами 49
2.1. Методы расчета 49
2.2. Используемая модель 49
2.3- Построение профиля ППЭ реакции гидролиза пептидной связи в активном центре сериновых протеаз 54
Глава 3- Моделирование профиля реакции внедрения атомов меди вС-Х(Х= S, О)связь бо
3-і. Методы расчета 6о
3-2. СО*, CS2 и OCS 6i
3-3- CuS и CS 62
3-4- Исследование ППЭ взаимодействия атомов меди с дисульфидом углерода
3-4-і- Механизм реакции 65
3-4-2. Альтернативные пути взаимодействия 6у
3-4-3- Сравнение с экспериментальными данными 68
3-5- Исследование ППЭ взаимодействия атомов меди с сульфид карбонилом уо
3-5Л. Механизм реакции , 72
3-5-2. Сравнение с экспериментальными результатами 72
З-б. Исследование ППЭ взаимодействия атомов меди с диоксидом углерода 73
Глава 4 Моделирование взаимодействия фрагмента белка ядериой оболочки вируса иммунодефицита человека с азодикарбой амидом 77
4-і. Методы расчета 77
4-2. Строение реагентов 78
4.2.1. Цинксодержащий фрагмент белка NCp7 78
4.2.2. Азодикарбонамид 79
4-3- Построение сечений ППЭ реакции азодикарбонамида и модели активного центра белка
4.3.1. Взаимодействие цис-АДАС1МН+) с цинксодержащим фрагментом 82
4-3-2. Взаимодействие транс- АДА(СОН+) с цинксодержащим фрагментом 8з
4-3-3- Взаимодействие цис- AflA(NH3+) с цинксодержащим фрагментом 84
4-3-4- Взаимодействие транс- АДА с цинксодержащим фрагментом 84
4-4- Механизм взаимодействия АДА с цинксодержащим фрагментом белка NCp7 84
Глава 5 Моделирование реакции [Pt(NH3)2Cl4] и SCH3~ 86
5.1. Методы расчета 86
5.2. Поиск окрестности переходного состояния 86
5-3- Выбор модели реагента 87
5-4- Электронное строение комплекса 87
5-5- Моделирование реакции цис - [Рі(МН3)гСІ4] метил тиолят ионом без учета окружения
5-6. Моделирование реакции цис - [Pt(NH3)2Cl4]
с метил тиолят ионом в водном окружении 93
5-7- Влияние учета электронной корреляции на энергию активации реакции 95
Основные результаты и выводы 99
Список литературы
