Введение
ГЛАВА 1. Малоугловое рассеяние по литературным данным 13
1.1. История развития малоуглового рассеяния 13
1.2. Теория малоуглового рентгеновского рассеяния
1.2.1. Монодисперсные системы 16
1.2.2. Многокомпонентные системы 18
1.2.3. Частично упорядоченные системы 19
1.3. Эксперимент по малоугловому рассеянию рентгеновских лучей 20
1.3.1. Лабораторная установка 21
1.3.2. Установки на источнике синхротронного излучения 23
1.4. Обработка данных МУРР 26
1.4.1. Первичная обработка данных 26
1.4.2. Структурный анализ частично упорядоченных образцов 27
1.4.3. Ab initio метод восстановления структуры 28
1.4.4. Гибридные методы. Метод молекулярной тектоники. Расчет кривой рассеяния от модели атомного разрешения. Достраивание недостающих фрагментов 34
1.4.5. Анализ гибких и дисперсных по формам систем 42
1.5. Заключение к Главе 1 45
ГЛАВА 2. Общие сведения о белках по литературным данным 47
2.1. Структура и функции белков 47
2.2. Белки-ферменты 49
2.3. Постановка задачи 52
ГЛАВА 3. Структурные исследования белков, участвующих в катаболизме E. coli в стационарной фазе роста клеток 54
3.1. Эксперимент по малоугловому рассеянию 54
3.2. Дополнительные методы, используемые для анализа структуры ферментов в растворе 54
3.2.1. Аналитическое ультрацентрифугирование 54
3.2.2. Эксклюзионная хроматография 55
3.2.3. Молекулярный докинг 55
3.3. Гомогенные растворы белков 59
3.3.1. Малоугловое рентгеновское рассеяние в исследовании фруктозо-1,6 бисфосфат альдолазы (FbaB) из Escherichia coli, участвующей в катаболизме
3.3.2. Малоугловое рентгеновское рассеяние в исследовании неорганической пирофосфатазы (PPase) из Escherichia coli, участвующей в катаболизме 64
3.4. Гетерогенные растворы белков 68
3.4.1. Малоугловое рентгеновское рассеяние в исследовании 5-кето-4-дезоксиуронат изомеразы (KduI) из Escherichia coli, участвующей в катаболизме 68
3.4.2. Малоугловое рентгеновское рассеяние в исследовании глутамат декарбоксилазы (GadA) из Escherichia coli, участвующей в катаболизме 73
3.4.3. Малоугловое рентгеновское рассеяние и молекулярный докинг в исследовании дигидролипоилдегидрогеназы (LpD) из Escherichia coli, участвующей в катаболизме 80
3.5. Заключение 86
ГЛАВА 4. Холестерические жидкокристаллические дисперсии (по литературным данным) 88
4.1. Формирование жидкокристаллических дисперсий двухцепочечных молекул ДНК 88
4.2. Пространственная организация молекул дц-ДНК в ХЖКД ДНК 92
4.3. Способы формирования наноконструкций на основе ХЖКД ДНК в условиях водно-солевого раствора ПЭГ с гостевыми включениями 93
4.4. ХЖКД ДНК с инкорпорированными наночастицами золота 95
4.5. Постановка задачи 98
ГЛАВА 5. Исследование пространственной структуры ХЖКД ДНК и зависимость взаимодействия их с наночастицами золота 100
5.1. Круговой дихроизм, как дополнительный метод исследования структуры ХЖКД ДНК 100
5.1. Пространственная структура ХЖКД ДНК 100
5.2. Исследование эффективности взаимодействия ХЖКД ДНК с наночастицами золота разного размера 107
5.3. Заключение к Главе 5 113
Заключение 115
Основные результаты и выводы 118
Список цитируемой литературы 120
