Введение
3. Обзор литературы 13
3.1. Общая характеристика возбудителей 13
3.1.1. Вид N.meningitidis 14
3.1.2. Серотип b Н.influenzae 15
3.2. Эпидемиология 16
3.2.1. Особенности эпидемиологии менингококковой инфекции 17
3.2.2. Особенности эпидемиологии Hib-менингита 22
3.3. Метод МЛСТ 28
3.3.1. Применение метода МЛСТ для N.meningitidis 33
3.3.2. Применение метода МЛСТ для H.influenzae 34
4. Общая характеристика исследуемого материала 35
4.1. Штаммы Hib 36
4.2. Штаммы N.meningitidis 39
5. Методы исследования 41
5.1. Культивирование H.influenzae и N.meningitidis 41
5.2. Выделение ДНК 41
5.3. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) 42
5.4. Детекция результатов амплификации 44
5.5. Определение нуклеотидной последовательности 45
5.5.1. Очистка продуктов амплификации 45
5.5.2. Секвенирующая амплификация 46
5.5.3. Очистка от не встроившихся дидезоксинуклеотидтрифосфатов 47
5.5.4. Детекция продуктов секвенирования 47
5.6. Программное обеспечение 48
5.7. Использованные инетернет-ресурсы 49
6. Собственные результаты 52
6.1. Предложенные праймеры 52
6.1.1. Праймеры для МЛСТ Hib 53
6.1.2. Праймеры для МЛСТ N.meningitidis 54
6.1.3. Праймеры для субтипирования N.meningitidis 56
6.2. Результаты типирования Hib 57
6.3. Результаты типирования N.meningitidis 59
6.4. Результаты секвенирования, отправленные в базы данных 60
7. Обсуждение результатов 64
7.1. МЛСТ Hib 64
7.1.1. Наблюдаемые аллели и СТ 64
7.1.2. Генетические взаимоотношения российских штаммов Hib 67
7.1.2.1. Результаты анализа методом BURST 68
7.1.2.2. Филогенетическая связь штаммов 71
7.1.3. Генетическая связь с иностранными штаммами 76
7.2. МЛСТ N.meningitidis 87
7.2.1. МЛСТ штаммов N.meningitidis серогруппы А 88
7.2.2. МЛСТ штаммов N.meningitidis серогрупп В, С и W-135 96
7.3. Субтиттроваяие N.meningitidis 102
8. Заключение 111
9. Выводы 124
10. Список литературы 126
