Введение
Глава 1. Обзор литературы 5
1.1. Решеточные модели белков как инструмент их исследования 5
1.2. Предсказание пространственной структуры белков: обзор современного состояния проблемы 12
Глава 2. Поиск (построение) конформации цепи на кубической решетке, наилучшим образом приближающей пространственную структуру белка 24
2.1. Моделирование хода главной цепи белка на решетке. Метод глобальной минимизации 24
2.2. Решеточные модели белковых цепей с боковыми группами 38
2.3. Построение решеточных моделей больших белков с применением теории самосогласованного поля 42
2.4. Построение решеточных моделей, оптимизированных по энергии парных взаимодействий 50
Глава 3. Предсказание пространственной структуры белка по его аминокислотной последовательности 54
3.1. Поиск структуры с наименьшей энергией в молекулярном поле. Метод «протягивания»: модель и теория 54
3.2. Метод «протягивания»: результаты и обсуждение 64
3.3. Возможность предсказания новых мотивов укладки цепи 68
3.4. Использование гомологичных последовательностей и структурно похожих белков для улучшения качества предсказания 70
Заключение 77
Выводы 78
Литература 79
