Введение
1 Липидные мембраны, литературный обзор 8
1.1 Строение липидных структур 8
1.1.1 Мембранные липиды 8
1.1.2 Водно-липидные смеси 14
1.2 Молекулярное моделирование липидных мембран 20
1.2.1 Параметры молекулярных моделей 20
1.2.2 Модели липидных структур 23
1.2.3 Исследование взаимодействия липидов 29
1.2.4 Граница бислой/вода 31
1.2.5 Подвижность липидов 32
1.2.6 Проницаемость липидных мембран 34
1.2.7 Слияние мембран 36
2 Молекулярное моделирование 39
2.1 Силовое поле и построение модели молекулы липида 39
2.2 Метод молекулярной динамики 47
2.3 Методы оценки латеральной подвижности 54
2.3.1 Прямой метод оценки 55
2.3.2 Оценка дисперсии центров масс 57
2.4 Оценка времен вращательной корреляции 59
2.5 Построение модели липидной мембраны 63
2.5.1 Модель жидкокристаллического состояния 65
2.5.2 Модель гелевого состояния 68
3 Диффузионная подвижность молекул ДСФХ 71
3.1 Наносекундный временной диапазон 71
3.1.1 Автокорреляционный анализ 73
3.1.2 Анализ Фурье образов 75
3.2 Пикосекундный временной диапазон 79
3.2.1 Изотропная модель случайных блужданий 80
3.2.2 Неизотропная модель случайных блужданий 85
4 Проницаемость липидных мембран 98
4.1 Управляемая молекулярная динамика 100
4.1.1 Внешняя сила переменной величины 101
4.1.2 Расчет коэффициентов проницаемости 104
4.2 Диффузионное сопротивление липидных мембран 108
4.2.1 Общие закономерности 109
4.2.2 Значения коэффициентов проницаемости 111
Заключение 117
Выводы 119
Литература 121
