Введение
Глава 1. Моделирование задач молекулярной динамики 15
1.1 Алгоритмы молекулярной динамики 16
1.2 Граничные условия 17
1.3 Начальные условия 20
Начальные координаты
Начальные скорости
1.4 Потенциалы взаимодействия 28
1.5 Термостаты 36
1.6 Численные методы 37
Глава 2. Постановка задачи установления термодинамического равновесия 44
2.1 Постановка задачи для аргона 45
2.1.1 Граничные условия 46
2.1.2 Начальные условия 47
2.1.3 Потенциалы 49
2.1.4 Численная схема решения 52
2.2 Постановка задачи для алюминия 54
2.2.1 Граничные условия 56
2.2.2 Начальные условия 56
2.2.3 Потенциалы 60
2.2.4 Алгоритм нагрева (термостат) 63
2.2.5 Численная схема решения 64
Глава 3. Программная реализация алгоритма и параллельные вычисления 67
3.1 Тонкости программной реализации 68
3.2 Параллельные вычисления 72
Глава 4. Физическая задача, анализ данных, результаты вычислений 84
4.1 Задача для аргона 84
4.2 Задача для алюминия 89
Заключение 98
Список литературы 100
