Введение
1. Метод молекулярной динамики. 6
1.1.1. Расчет траекторий движения. 6
1.1.2. Методы ускорения расчётов молекулярной динамики. 11
1.1.3. Методы интегрирования уравнений движения. 14
1.1.4. Ошибки интегрирования и способы их коррекции. 14
1.1.5. Внешние воздействия на систему, расчёт при постоянной температуре. 15
1.1.6. Изучение гиперповерхностей потенциальной энергии и построение карт уровней потенциальной энергии. 25
1.1.7. Авто- и кросскорреляционные функции двугранных углов. 28
1.1.8. Построение двумерных и одномерных распределений вероятностей значений торсионных углов. 32
1.2. Теоретические основы рассеяния рентгеновских лучей. 33
1.2.1. Рассеяние объектами, содержащими один тип атомов. 33
1.2.2. Рассеяние объектами, содержащими атомы нескольких типов. 36
1.2.3. Использование моделей, для получения информации о структуре объекта, при обработке индикатрис рентгеновского рассеяния. 37
2. Молекулярная динамика изгибных флуктуации элементов вторичной структуры белков. 40
2.1. Использование континуальной модели при описании динамики элементов вторичной структуры белков. 40
2.2. Динамические свойства а-спиралей и р-слоя. 42
2.3. Динамика а-спирали и р-слоя в белке. 51
3. Метод молекулярной динамики как вычислительный эксперимент по сравнительному изучению динамических свойств лизоцима при направленной вариации его структуры. 54
3.1. Постановка вычислительного эксперимента по изучению влияния дисульфидных мостиков на конформационную подвижность лизоцима. 54
3.2. Динамика а-спиралей в большом домене лизоцима. 55
3.3. Динамические корреляции большого и малого доменов лизоцима. 58
3.4. Сравнение пространственных характеристик лизоцима с дисульфидными связями и без них. 60
4. Получение пространственных корреляционных функций биомакромолекул с помощью фурье-анализа данных диффузного рассеяния рентгеновских лучей. 66
4.1. Методика фурье-анализа данных диффузного рассеяния рентгеновских лучей. 66
4.2. Исследование с помощью фурье-анализа ДРРЛ глобулярных белков: миоглобина и лизоцима. 68
4.3. Исследование с помощью фурье-анализа ДРРЛ мембранных белков: белков реакционного центра (РЦ) пурпурных бактерий. 73
4.4. Метод молекулярной динамики как инструмент для обработки экспериментальных данных по ДРРЛ лизоцимом с различными степенями гидратации. 82
Заключение и выводы. 88
