Введение
1 Обзор литературы
1.1 Геном эукариот. Структура и характеристика генома эукариот 8
1.1.1 Уникальные последовательности генома эукариот 9
1.1.2 Умерено повторяющиеся последовательности генома эукариот 11
1.1.3 Часто повторяющиеся последовательности генома эукакриот 14
1.2 Микросателлитные последовательности ДНК 15
1.2.1 Определение и классификация микросателлитов 15
1.2.2 Роль и функции микросателлитов 16
1.2.3 Механизмы нестабильности микросателлитов 20
1.3 Термодинамический аспект структурной организации генома эукариот. Изохоры. CpG-островки 24
1.4 Вариабельность генома и генетико-популяционные исследования 30
1.4.1 Маркеры в генетических исследованиях: роль, свойства и классификация 30
1.4.1.1 Биохимические маркеры 31
1.4.1.2 ДНК-маркеры 32
1.4.1.2.1 Маркеры на основе ПДРФ 32
1.4.1.2.2 Маркеры, основанные на ПЦР 34
1.4.1.2.2.1 Мономорфные ДНК-маркеры 34
1.4.1.2.2.2 Полиморфные ДНК-маркеры 35
1.4.2 Математическое моделирование генетико-популяционных процессов 39
1.4.2.1 Классификация математических моделей в биологии, классы задач и математический аппарат 40
1.4.2.2 Математическое моделирование генетических процессов на популяционном и видовом уровнях 42
1.5 Однополые виды позвоночных животных и их популяции 44
1.5.1 Общая характеристика вида Darevskia unisexualis 44
2 Материалы и методы 46
2.1 Выделение ДНК из крови 46
2.2 Анализ нативности ДНК 47
2.3 Анализ ДНК на спектрофотометре 47
2.4. Анализ геномной клонотеки D. unisexualis 47
2.4.1 Скрининг геномной библиотеки на наличие (TG)n -
последовательностей 47
2.4.1.1 «Колони» - гибридизация 47
2.4.1.2 Приготовление (TG)9 -зонда 47
2.4.1.3 Гибридизация 48
2.5 Выделение плазмидной ДНК 48
2.6 Рестрикция плазмидной ДНК, электрофорез рестрикционных фрагментов в агарозном геле, блоттинг, блот-гибридизация
2.7 Секвенирование рекомбинантной ДНК, содержащей (TG)n -последовательности. Постановка вычислительного эксперимента
2.8 Постановка полимеразной цепной реакции (ПЦР) 52
2.8.1 Подбор праймеров 52
2.8.2 Подбор условий для ПЦР 52
2.9 ПЦР-анализ .- 52
2.9.1 Подготовка стекол 52
2.9.2 Приготовление 8 % полиакриламидного геля (ПААГ) для нативной ДНК и 6% геля ПААГ для денатурированной ДНК 53
2.9.3 Заливка ПААГ «накатом» 53
2.9.4 Электрофорез нативной ДНК и денатурированной ДНК в ПААГ 53
3 Результаты 55
3.1 Получение и характеристика рекомбинантных клонов, содержащих (ТО)п-микросателлиты, из геномной клонотеки D. unisexualis . 55
3.2 Анализ изменчивости микросателлитных локусов у партеновида D.unisexualis 56
3.3 ПЦР-анализ локусов, гомологичных Dul83, Du214, Du231, Du255 и Du365, у двуполых родительских видов Darevskia raddei и Darevskia valentini 60
3.4 Сравнительный анализ биохимических и физико-химических характеристик микросателлитных локусов генома D.unisexualis 63
5 Математическое моделирование и анализ закономерностей распределения частот аллелей вариабельных локусов в популяциях D.unisexualis. Разработка математической модели для характеристики генофонда однополых видов 88
4 Обсуждение результатов 94
1 Полиморфизм микросателлитсодержащих локусов генома у различных однополых и двуполых видов рода Darevskia 94
2 Интерпретация результатов биохимического и физико-химического анализа в приложении к исследованиям вариабельных участков генома 97
3 Сравнительный анализ, практика и перспективы применения предложенной математической модели 104
5 Выводы 109
Список литературы
