Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 10
1.1. Методы генотипирования M. tuberculosis 10
1.1.1. IS6110-RFLP-типирование 12
1.1.2. Сполиготипирование 14
1.1.3. MIRU-VNTR-типирование 17
1.2. Молекулярно-генетические исследования M. tuberculosis в России .22
1.2.1. Генотипирование клинических изолятов M. tuberculosis 22
1.2.2. Лекарственная устойчивость клинических изолятов M. tuberculosis 29
1.2.3. Геномный полиморфизм, клиническая и эпидемиологическая значимость штаммов M. tuberculosis генетического семейства Beijing 32
ГЛАВА 2. Материалы и методы исследования 38
2.1. Материал исследования .38
2.2. Микробиологические исследования 38
2.3. Сбор и подготовка образцов биомассы M. tuberculosis для генотипирования 39
2.4. Молекулярно-генетические методы типирования клинических изолятов M. tuberculosis 40
2.4.1. Генотипирование с использованием тест-системы "Амплитуб-Beijing" 40
2.4.2. MIRU-VNTR-типирование 40
2.4.3. Сполиготипирование 43
2.4.4. IS6110-RFLP-типирование 45
2.4.5. Определение мутаций устойчивости к рифампицину и изониазиду у клинических изолятов M. tuberculosis 51
2.5 Статистическая обработка результатов 51
ГЛАВА 3. Генотипическая характеристика изолятов m. tuberculosis, полученных от больных туберкулезом в уральском федеральном округе Российской Федерации ...52
3.1. Генотипы клинических изолятов non-Beijing, полученных от впервые выявленных больных туберкулезом 55
3.2. Геномный полиморфизм изолятов Beijing, полученных от впервые выявленных больных туберкулезом 64
3.3. Генотипы изолятов M. tuberculosis, полученных от ранее леченных больных туберкулезом 71
ГЛАВА 4. Отношение к противотуберкулезным препаратам клинических изолятов m. tuberculosis 78
4.1. Характеристика лекарственной чувствительности клинических изолятов M. tuberculosis к противотуберкулезным препаратам первого ряда 78
4.2. Мутации устойчивости к рифампицину и изониазиду у клинических изолятов M. tuberculosis 91
ГЛАВА 5. Схема генотипирования клинических изолятов m. Tuberculosis в уральском федеральном округе российской федерации .99
Заключение 107
Выводы .109
Практические рекомендации 110
Список использованных сокращений 111
Список использованной литературы .112
Приложения 136
