Введение
1. Обзор литературы 14
1.1. Молекулярно-генетическая диагностика 14
1.1.1. Методы выделения нуклеиновых кислот 14
1.1.1.1. Детергентный метод 14
1.1.1.2. Фенольный метод 15
1.1.1.3. Фенольно-детергентный метод 16
1.1.1.4. Сорбционный метод 18
1.1.2. Методы амплификации нуклеиновых кислот 18
1.1.2.1. Полимеразная цепная реакция и ее модификации 18
1.1.2.2. Альтернативные методы амплификации 26
1.1.3. Генотипирование с учетом полиморфизма единичных нуклеотидов (SNP-генотипирование) 32
1.1.4. Проблема контаминации. Методы деконтаминации 38
1.2. Таксономия и номенклатура хламидий 43
1.2.1. Семейство Chlamydiaceae 46
1.2.1.1. Род Chlamydia 47
1.2.1.2. Род Chlamydophila 49
1.2.2. Семейство Parachlamydiaceae 58
1.2.3. Семейство Simkaniaceae 59
1.2.4. Семейство Waddliaceae 60
1.2.5. Семейство Criblamydiaceae 61
1.2.6. Хламидиозы рыб 61
1.2.7. Критический взгляд на классификацию хламидий 62
1.3. Исторический ракурс изучения проблемы хламидиозов животных на постсоветском пространстве 64
1.3.1. Характеристика некоторых штаммов хламидий, выделенных от млекопитающих 65
2. Материалы и методы 74
2.1. Штаммы хламидий. Исследованный материал 74
2.2. Эпизоотологическое обследование . 76
2.3. Выделение и идентификация возбудителя хламидиоза 76
2.4. Серологические реакции 78
2.5. Люминесцентная микроскопия 80
2.6. Очистка и концентрирование хламидий 81
2.7. Экстракция нуклеиновых кислот исследованного материала 82
2.8. ПНР. ПДРФ. Горизонтальный гель электрофорез 89
2.9. Секвенирование. Выравнивание и филогенетический анализ 104
3. Результаты собственных исследований 109
3.1. Совершенствование способов генодиагностики 109
3.1.1. Разработка способа выделения ДНК хламидий 109
3.1.2. Разработка способа проведения НЦР 111
3.1.3. Разработка способа защиты ОТ-ПЦР от контаминации продуктами амплификации на основе разрушающего действия урацил-ДНК-гликозилазы 118
3.2. Результаты исследования плотоядных животных на хламидиоз 122
3.2.1. Оценка эпизоотического состояния зверосовхоза «Вятский»
Кировской области РФ в отношении хламидиоза пушных зверей. 122
3.2.2. Лабораторная диагностика хламидиоза лисиц в зверосовхозе «Вятский» Кировской области РФ 124
3.2.2.1. Вирусологические исследования 124
3.2.2.2. Серологические исследования 125
3.2.2.3. Молекулярно-генетические исследования 126
3.2.3 Совершенствование молекулярно-генетической индикации возбудителей хламидиоза 126
3.2.3.1. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) со специфичными праймерами для индикации хламидий 127
3.2.3.2. Выявление возбудителя хламидиоза в патологическом материале при помощи ПЦР со специфичными праймерами.130
3.3. Результаты лабораторных исследований рептилий, амфибий и декоративных птиц на хламидиоз 131
3.4. Молекулярно-генетический анализ хламидий 135
3.4.1. Сравнительная характеристика хламидий по отрі-геву 135
3.4.2. Сравнительная характеристика хламидий по отр2-тену 154
3.4.3. Сравнительная характеристика хламидий по 16SpPHK, 2SSpPHK и наличию экстрахромосомной плазмиды (рСр) 159
4. Обсуждение результатов исследования 172
5. Выводы 198
6. Практические предложения 200
Список использованной литературы 203
Приложения 260
