Введение
1 Введение 3
2 Модели различных внутренних движений ДНК 14
2.1 Динамика раскрытия двойной спирали: учет крутиль ной подвижности 15
2.1.1 Двухкомпонентные модели Yomosa и Федянина 16
2.1.2 Модель Якушевич 22
2.1.3 Влияние последовательности 25
2.2 Динамика раскрытия двойной спирали: учет трансверсалы-юй подвижности 28
2.2.1 Модель Перарда-Бипгопа 28
2.2.2 Комбинированные модели 32
2.3 Динамика В-А переходов 34
2.3.1 Модель В-А переходов Волкова 34
2.4 Модели объединенных атомов 37
2.5 Приложение к нанотехнологиям 37
3 Дискретная модель двойной спирали ДНК. 39
3.1 Молекула ДНК 39
3.2 Модель. Аргументация и описание 40
3.3 Дисперсионное соотношение 48
4 Солитонные решения 52
4.1 Аналитические методы нахождения солитонных волновых решения 52
4.2 Численные методы нахождения солитонных волновых решений 54
4.2.1 Стационарное решение 58
4.2.2 Нестационарные решения 63
4.3 Взаимодействие топологических солитонов 65
4.4 Влияние иеоднородностей цепи на динамику топологических солитонов 71
4.5 Взаимодействие топологических солитонов с тепловыми колебаниями цепи 77
5 Бризеры и периодические волны 84
5.1 Сильная связь 86
5.1.1 Синфазные колебания 87
5.1.2 Синфазные колебания без перехода в систему центра масс 94
5.1.3 Колебания бризеров в противофазе 96
5.1.4 Периодические волны 99
5.2 Режимы, реализующие обмен энергией. Слабая связь 99
5.2.1 Обмен энергии реализованный через бризеры 100
5.2.2 Обмен энергией, реализованный через периодические волны 106
Выводы 109
