Введение
ГЛАВА I 8
1.1. Информативность молекулярных моделей в описании свойств вещества 8
1.2. Объемная форма и пространство заполняющие модели молекул
1.2.1. Воспроизведение и прогноз физико-химических свойств вещества 17
1.2.2. Сравнение пространственных структур молекул- в задачах 3D-QSAR 27
1.2.3. Учет стерических факторов в описании химических реакций 29
1.3. Современные подходы к моделированию размеров атомов в молекулах 34
1.3.1. Аппарат ван-дер-ваальсовых радиусов 39
1.3.2. Полиэдры Вороного-Дирихле в описании атомов галогенов 39
1.3.3. «Границы» атомов в молекуле силовой и энергетический критерии деления молекулы на атомы. 40
1.3.4. DENSON. Параметрическая модель атомных радиусов 44
1.3.5. Учет влияния ассоциации молекул на размеры атомов 46
ГЛАВА II 60
2.1. Моделирование объема пространства, занимаемого атомом в молекуле 60
2.2. Непараметрическая модель эффективных радиусов атомов MERA
ГЛАВА III 86
3.1. Связь физико-химических параметров веществ с пространственными характеристиками из модели MERA 86
3.2. Использование пространственных характеристик молекул в описании биологической активности 100
3.2.1. Новый метод прогнозирования проводниковой анестезии 105
3.3. Оценка размеров полостей молекул 112
3.3.1. Прогноз противотуберкулезной активности подандов 112
3.3.2. Вычисление размеров полостей в макромолекулярных структурах 119
3.4. Теоретическое рассмотрение кинетики взаимодействия азолоаннелированных пиримидинов с индолом 122
3.5. Теоретическое исследование диастереоселективности реакции 3-фенил-1,2,4-триазин-5(4н)-онов с 1-ментолом 128
Выводы 136
Список литературы
