Введение
Глава I. Особенности биологии аэробных метанотрофов 9
1.1. Экология метанотрофных бактерий 9
1.2. Систематика метанотрофных бактерий 14
1.3. Энергетический метаболизм метанотрофов 16
1.4. Конструктивный метаболизм метанотрофов , 23
1.5. Поверхностные структуры метанотрофов 29
Глава II. Биоразнообразие галоалкалофильных и термофильных бактерий 32
2.1. Содовые озера - источник галоалкалофильных микроорганизмов 32
2.2. Стратегии адаптации бактерий к высоким значениям солености и рН 34
2.3. Термотолерантные/термофильные бактерии 38
Экспериментальная часть 41
Глава III. Материалы и методы 41
3.1. Объекты исследования 41
3.2. Измерение потребления СН4 в пробах донных осадков 41
3.3. Определение активности нитрификации в пробах донных осадков 42
3.4. Культивирование метанотрофов 42
3.5. Выделение чистых культур (гало)алкалофильных метанотрофов I типа 43
3.6. Выделение галоалкалотолерантных метанотрофов II типа 44
3.7. Выделение чистых культур умеренно-термофильных метанотрофов 44
3.8. Изучение физиологических свойств галоалкалофильных метанотрофов I типа 45
3.9. Изучение физиологических свойств штамма БЗ 46
3.10. Изучение физиологических свойств умеренно-термофильных метанотрофов 47
3.11 Определение чувствительности к антибиотикам 48
3.12. Определение активности ферментов 48
3.14. Аналитические определения 51
3.15. Влияние ингибиторов на скорость роста Methylomicrobium buryatense 5Б 55
3.16. Выделение экзополисахарида Methylomicrobium buryatense 5Б и определение его мономерного состава 55
3.17. !Н ЛМР-анализ осмопротекторов и гликогена 55
3.18. ВЭЖХ метод определения содержания эктоина в биомассе 55
3.19. Световая и электронная микроскопия клеток метанотрофов 56
3.20. Молекулярно-генетические методы и филогенетический анализ 57
3.21. Экстракция белка S-слоев Methylomicrobium alcaliphilum 20Z 61
3.22. Самосборка структуры S-слоев in vitro 61
3.23. Дансилирование поверхностных белков 61
3.24. Гель-фильтрация белка S-слоев 61
3.25. ДСН-ПААГ белка S-слоев 62
2.20. Иммуноблотинг белка S-слоев 62
3.20. Трипсинолиз белка S-слоев в ПААГ и масс-спектроскопическая фрагментация пептидов 63
Результаты и обсуждение 64
Глава IV. Потребление метана и окисление аммония в пробах содовых озер 64
Глава V. Выделение и характеристика (гало)алкалофильных/толерантных метанотрофов 68
5.1. Выделение и характеристика (гало)алкалофильных метанотрофов I типа 68
5.2. Выделение и характеристика галоалкалотолерантного метанотрофа II типа 70
5.3. Пути метаболизма галоалкалофильных/толерантных метанотрофов 72
5.4. Осмоадаптация новых метанотрофных изолятов 74
5.5. Филогенетическое и таксономическое положение 75
Глава VI. Физиолого-биохимические и цитологические особенности Methylomicrobium buryatense 5Б при росте на метаноле 82
6.1. Физиолого-биохимические особенности 82
6.2. Цитологические особенности 86
6.3. Этимологический анализ 86
Глава VII. Выделение и характеристика белка поверхностных гликопротеиновых структур Methylomicrobium alcaliphilum20Z 90
Глава VIII. Выделение, характеристика и определение таксономического положения
новых умеренно термофильных метанотрофов 94
8.1.1. Выделение и характеристика штаммов Н-11 и 0-12 94
8.1.2. Особенности метаболизма 100
8.1.3. Филогенетическое и таксономическое положение штаммов Н-11 и 0-12 102
8.2.1. Выделение и характеристика штамма MYHT 109
8.2.2. Филогенетическое и таксономическое положение штамма MYHT 112
Заключение 115
Выводы 117
Литература 118
