Введение
1. Обзор литературы 7
1.1 Механизм терминации трансляции эукариот 7
1.2 Структура и функции erfi 8
1.3 Структура и функции erf3 15
1.4 Ключевые отличия механизма терминации трансляции в прокариотах и эукариотах 17
1.5 Механизмы контроля ошибок трансляции и гомологи эукариотических факторов терминации трансляции 18
1.6 Методы спектроскопии ямр для определения структуры биологических макромолекул в растворе 26
1.7 Метод молекулярной динамики для исследования биомолекулярных систем 41
2. Экспериментальная часть 46
2.1 Материалы 46
2.2 Методы исследования 47
3. Результаты 65
3.1 Отнесение сигналов в спектрах ямр 65
3.2 Структура c-Flomehaerfl 68
3.3 Температурный эффект 74
3.4 Исследование стабильности конформеров 76
3.5 Исследование динамики атомов основной белковой цепи с-домена erf1 76
3.6 Расчет динамики движения с-домена белка ERFI 79
3.7 Расчет динамики движения полноразмерного белка erfi 89
4 Обсуждение результатов 94
4.1 Сраві іение ямр структуры с-домена с кристаллической 94
4.2 Стабилизация конформаций мини-домена 95
4.3 Динамика атомов основной цепи с-домепа erfi 97
4.4 Сравнение результатов расчета молекулярной динамики с результатами экспериментов ямр 98
4.5 Гомологи мини-домена ERFI и консервативность аминокислотной последовательности 99
4.6 Рациональный выбор мутаций остатков мини-домена для изучения функциональной активности 100
4.7 Предполагаемая функциональная роль мини-домена 329-372 в процессе терминации трансляции 103
Выводы 105
