Введение
3. Обзор литературы 8
3.1. Общая характеристика микоплазм 8
3.2. Структура и организация генома микоплазм 9
3.2.1. Повторяющиеся элементы в геномах микоплазм 10
3.2.1.1. Характеристика семейства вариабельных генов v/ЛА в М. gallisepticum 11
3.2.1.2. Типы повторяющихся элементов микоплазм 13
3.2.2. Сравнительный анализ геномов микоплазм 15
3.3. Системы репарации микоплазм 18
3.3.1. Двуцепочечные повреждения ДНК 18
3.3.2. Механизмы репарации двуцепочечных разрывов 21
3.3.3. Рекомбинационная репарация 24
3.3.4. SOS-ответ и прямая реактивация 25
3.3.5. Репарация неспаренных нуклеотидов 25
3.3.6. Эксцизионная репарация 26
3.4. Механизмы возникновения геномных перестроек 27
3.4.1. Типы рекомбинации 28
3.4.2. Мобильные генетические элементы 37
3.5. Заключение 37
4. Материалы и методы 38
4.1. Материалы 38
4.2. Методы 41
4.2.1. Методы работы с микоплазмой 41
4.2.2.Клонирование в клетках Е. coli и анализ клонов 43
4.2.3. Гибридизация мембран 44
4.2.4. Определение последовательности нуклеотидов методом Сэнгера 44
4.2.5. Полимеразная цепная реакция 45
4.2.6. Электрофорез в агарозном геле 47
5. Результаты 48
5.1. Взаимное расположение rrs\6 и rrsW на хромосоме 48
5.2. Анализ последовательности нуклеотидов повтора 53
5.2.1. Картирование генов 53
5.2.2. Гены 16S рРНК 56
5.2.3. Длинный прямой повтор 57
5.2.4. Спейсер между правым и левым плечами повтора 60
5.2.5. Дот-плот анализ 63
5.2.6. Сравнение последовательностей нуклеотидов генов, составляющих длинный прямой повтор, между двумя штаммами М. gallisepticum и между плечами повтора 68
5.3. Анализ участка ДНК, расположенного за нормальным изолированным геном 16S рРНК 70
5.4. Анализ последовательности нуклеотидов участка хромосомы М. gallisepticum А5969, содержащего локусы thyA-nrdFEl, S10 и ггп23-5 73
5.4.1. Анализ последовательности нуклеотидов локуса гт23-5 76
5.4.2. Кластер генов рибосомных белков S10 77
5.4.3. Ген лактатдегидрогеназы 79
5.4.5. Локус thyA-nrdFEl 80
5.5. Картирование участка начала репликации ДНК 86
6. Обсуждение результатов 89
7. Выводы 97
8. Список литературы 98
