Введение
Глава 1. Биологические задачи: методологические различия физического и вычислительного модельных подходов 23
Модель. Понятие 23
Идеальность модели. Универсальность. Верифицируемость
Вычислительный метод как часть модели
Построение модели
Мотив как модель ДНК-белкового взаимодействия
Глава 2. Алгоритм поиска и определения длины и структуры консервативных участков ДНК, программная реализация 29
Представление мотива 30
Основной шаг поиска сильного мотива 31
Поиск длины и наилучшего сдвига множества найденных сайтов 33
Подробности организация алгоритма 36
Стадии работы программы , 36
Программная реализация алгоритма и важнейшие параметры поиска мотива 40
Интерфейс командной строки для запуска программы 41
Входи выход программы 41
Соглашение о представлении позиций 42
Ключи командной строки и метки конфигурационного файла , 42
Веб-сайт, реализующий внешний интерфейс к программе 56
Глава 3. Сравнение программы SeSiMCMC с аналогичными 58
Глава 4. Применение алгоритма для поиска участков связывания белков - регуляторов
дыхания АгсА и NarP на ДНК в бактерии Е. coli и описания соответствующих регулонов 60
Переключатель кислородного/бескислородного дыхания Phospho-ArcA 61
Регулятор азотного дыхания NarP 64
Выводы 76
Литература 77
