Введение
Глава 1. Литературный обзор 8
1 1. Биосинтез пуриновых нуклеотидов 8
1.2 SAICAR-синтаза Saccharomyces cerevisiae 12
1 2 1 Биохимические свойства фермента SAICAR-синтазы Saccharomyces cerevisiae . 14
1 2 2 Пространственная структура SAICAR-синтазы Saccharomyces cerevisiae 15
1 2 3 Сравнение структуры SAICAR-синтазы с другими АТР- зависимыми ферментами цикла биосинтеза пуриновых нуклеотидов 19
Глава 2 Рентгеноструктурное исследование комплексов SAICAR-синтазы Saccharomyces cerevisiae 24
2.1 Получение и очистка фермента 24
2 2 Исследование комплекса (SS+ASP) 24
2 2 1. Получение кристаллов 24
2.2.2. Измерение интенсивностей дифракционных отражений 25
2.2 3 Определение и уточнение структуры комплекса (SS+ASP) 26
2 2 4 Анализ качества модели . 29
2 2 5 Структура комплекса (SS+ASP) . 29
2 3 Исследование комплексов с аденозинтрифосфатом, (SS+ATP)-I и (SS+ATPMI - 34
2 3 1 Получение кристаллов комплексов с аденозинтри фосфатом 34
2.3 2. Измерение интенсивностей дифракционных отражений 35
2 3 3 Определение структуры комплексов с АТР . 35
2 3.4 Анализ качества моделей .37
2.3.5 Структуры комплексов (SS+ATP)-I и (SS+ATP)-II 39
2.4. Исследование комплекса с AICAR и янтарной кислотой (SS+AIC+SUC) 46
2.4.1. Получение кристаллов комплексов с A1CAR и янтарной кислотой 46
2.4.2. Измерение интенсивностей дифракционных отражений 46
2.4 3 Определение структуры комплекса (SS+AIC+SUC) 47
2.4 4 Анализ качества модели 48
2 4 5 Структура комплекса (SS+AIC+SUC) 48
2.5. Исследование комплекса с аденозинтрифосфатом, AICAR и янтарной кислотой (SS+ADP+AIC+SUC) 56
2 5.1 Получение кристаллов комплекса (SS+ADP+AIC+SUC)... 56
2.5 2 Измерение интенсивностей дифракционных отражений,.,. 56
2 5 3 Определение структуры комплекса (SS+ADP+AIC+SUC) 57
2.5.4 Анализ качества модели 59
2.5.5. Структура комплекса (SS+ADP+AIC+SUC) 59
2.6. Исследование комплекса с SAICAR (SS+SAICAR) 78
2 6.1. Получение кристаллов комплексов с SAICAR 78
2.6 2 Измерение интенсивностей дифракционных отражений , 78
2 6 3. Определение структуры фермент-субстратного комплекса 79
2 6 4. Анализ качества модели 80
2 6 5. Структура комплекса (SS+ SAICAR). 80
Глава 3 Сравнение пространственной структуры SAICAR-синтазы Saccharomyces cerevisiae с пространственными структурами SAICAR-синтаз Thermatoga maritima и Е coli 86
3.1. Сравнение с SAICAR-синтазой Thermatoga maritima 87
3.2. Сравнение с SAICAR-синтазой co/i 91
Глава 4 Механизм каталитической реакции SAICAR-синтазы 99
4.1. Предлагаемые модели механизмы каталитической реакции SAICAR-синтазы 99
4 2. Каталитический механизм SAICAR-синтазы Saccharomyces serevisiae 104
Основные результаты и выводы 109
Благодарности. 111
Список цитируемой литературы 112
