Введение
1. Введение, цель и задачи 4
2. Обзор литературных источников
2.1. Масс-спектрометрия в протеомике 7
2.2. Cхема масс-спектрометрического эксперимента 8
2.3. Метод масс-спектрометрического мониторинга диссоциативных переходов 10
2.4. Планирование направленного масс-спектрометрического эксперимента 13
2.5. Интерференция в масс-спектрометрии 16
2.6. Количественное измерение содержания белков 18
2.7. Стандартизация результатов протеомных исследований 20
2.8. Программные системы для разработки и анализа результатов масс-спектрометрических экспериментов 24
2.9. Репозитории результатов масс-спектрометрических экспериментов
2.10. Использование метода мониторинга диссоциативных переходов в экспериментально-клинических исследованиях 29
2.11. Хромосомоцентричный подход 32
3. Материалы и методы исследования 33
3.1. Исходные масс-спектрометрические данные 33
3.2. Первичная обработка данных, полученных методом мониторинга диссоциативных переходов 34
3.3. Проверка формата входных данных 37
3.4. Программная реализация базы данных протеотипических пептидов 38
3.5. Загрузка результатов масс-спектрометрических экспериментов в базу данных 40
3.6. Формирование запросов к базе данных 42
3.7. Оценка результатов масс-спектрометрических измерений 44
3.8. Используемые информационные ресурсы 47
3.9. Специализированное программное обеспечение 49
4. Основные результаты 52
4.1. Структура данных для описания результатов направленного масс-спектрометрического эксперимента 52
4.2. Система запросов к информации о протеотипических пептидах 60
4.3. Оценка результатов детекции белков и пептидов в биологических образцах 70
4.4. Анализ выборки протеотипических пептидов и соответствующих их белков
4.4.1. Репрезентативность выборки протеотипических пептидов и соответствующих им белков77
4.4.2. Интерференция протеотипических пептидов
5. Заключение 99
6. Выводы 103
7. Список сокращений 104
