Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 15
1.1 Характеристика микромицетов рода Coccidioides 15
1.2 Методы идентификации, типирования и белкового возбудителей микозов 20
1.3. Применение технологии MALDIOF масс-спектрометрии для идентификации биомаркеров белковой природы 48
Собственные исследования 52
ГЛАВА 2. Материалы и методы 52
2.1 Штаммы микроорганизмов и условия культивирования 52
2.2 Питательные среды и методы культивирования 55
2.3 Подготовка штаммов Coccidioides spp. для масс-спектрометрического анализа 56
2.4. Подготовка штаммов возбудителей оппортунистических микозов для масс-спектрометрического анализа 57
2.5 Регистрация масс-спектров клеток микромицетов 58
ГЛАВА 3. Разработка схемы пробоподготовки клеток coccidioides spp. для maldiof масс-спектрометрии 60
3.1 Подбор метода пробоподготовки, обеспечивающего обеззараживание исследуемого материала 60
3.2. Оптимизация методов экстракции протеинов из клеток Coccidioides spp . 62
ГЛАВА 4. Получение и сравнительный анализ maldiof масс-спектров возбудителей кокцидиоидомикоза 65
4.1 Получение репрезентативного набора характеристических масс-спектров коллекционных штаммов Coccidioides 65
4.2 Изучение влияния условий культивирования микромицетов на характеристики масс-спектров 72
4.3 Идентификация микромицетов III-IV групп патогенности на основе анализа клеточных масс-спектров 75
4.4 Идентификация родо- и видоспецифичных пиков клеточных масс-спектров микромицетов рода Coccidioides. Разработка раздела базы данных масс-спектров SARAMIS для идентификации штаммов Coccidioides spp.
4.5 Анализ возможности использования масс-спектрометрического профилирования штаммов Coccidioides spp. для внутривидового типирования возбудителей 86
Заключение 90
Выводы 98
Список сокращений 100
Список литературы 101
