Введение
II. Литературный обзор 5
II. 1. Заряды в молекулярном моделировании 5
II.2. МЭП как фундаментальное свойство 7
ІІ.3. Типы зарядовых схем 11
II.3.1. Неэмпирические методы расчета электронной плотности 11
II.3.2. Полуэмпирические методы расчета электронной плотности 15
II.3.3. Эмпирические методы 16
II.3.4. Заряды, воспроизводящие различные свойства 30
II.4. Топологическая симметрия зарядов 36
II.5. Сравнение существующих схем 37
II.6. Выводы из анализа литературы 39
III. Теоретическая часть 41
III. 1. Основания и постановка задачи 41
ІІІ.2. Динамическая релаксация ЭО 41
III.3. Полное выравнивание ЭО с топологически симметричной функцией энергии 50
III.4. Сравнение с существующими методами 52
ІІІ.5. Практические схемы 56
III.5.1. Модель молекулярного графа 57
III.5.2. Модель орбитального графа 57
III.5.3. Модель динамической релаксации ЭО 58
III.5.4. Модель полного выравнивания ЭО с топологически симметричной функцией энергии системы 59
IV. Детали вычислительного эксперимента 60
IV. 1. Постановка задачи 60
IV.2. Метод 60
IV.2.1. Выборка структур 60
IV.2.2. Оптимизация геометрии 61
IV.2.3. Расчет МЭП на решетке точек 61
IV.2.4. Целевые функции 62
IV.2.5. Использование атомных типов 64
IV.2.6. Методика оптимизации 67
IV.2.7. Контроль качества 70
IV.2.8. Программный комплекс 70
IV.2.9. Расчет зарядов, используемых для сравнения 71
V. Обсуждение результатов 73
V. 1. Воспроизведение RESP-зарядов зарядами схем МГ и ОГ 73
V.2. Воспроизведение МЭП зарядами схем МГ, ОГ, ТСФЭ и ДРЭО 83
V.2.I. Общие особенности этапа 83
V.2.2. Схема МГ 87
V.2.3. Схема ОГ 92
V.2.4. Схема ТСФЭ 96
V.2.5. Схема ДРЭО 101
V.2.6. Выводы этапа оптимизации 106
V.3. Общий анализ результатов 106
V.3.I. Сравнение эмпирических схем расчета зарядов 106
V.3.2. Особенности воспроизведения МЭП 112
V.3.3. Сравнение с литературными схемами 117
V.3.4. Анализ сложностей воспроизведения МЭП атомными зарядами 133
V.3.5. Примеры расчета зарядов и МЭП 142
V.3.6. Дальнейшее развитие 144
VI. Выводы 150
VII. Список литературы 151
Приложение 164
