Введение
1 Обзор литературы 12
1.1 Биология Neisseria gonorrhoeae 12
1.1.1 Общая характеристика N. gonorrhoeae 12
1.1.2 Организация генома и факторы патогенности N. gonorrhoeae 13
1.1.3 Инфекционный процесс, вызванный N. gonorrhoeae 24
1.2 Устойчивость N. gonorrhoeae к антибиотикам 30
1.2.1 Применение антибиотиков для лечения гонореи 30
1.2.2 Механизмы устойчивости к антибиотикам 34
1.3 Молекулярная эпидемиология гонореи 40
1.3.1 Важность типирования N. gonorrhoeae для эпидемиологических целей 40
1.3.2 Методы типирования изолятов N. gonorrhoeae на основе фенотипа 42
1.3.3 Методы типирования изолятов N. gonorrhoeae на основе генотипа 44
2 Материалы и методы 53
2.1 Материалы 53
2.1.1 Коллекции ДНК клинических изолятов N. gonorrhoeae 53
2.1.2 Реактивы 53
2.1.3 Растворы и буферы 54
2.1.4 Олигонуклеотидные праймеры 54
2.2 Методы 56
2.2.1 Поиск VNTR-локусов 56
2.2.2 Мультилокусный VNTR-анализ 56
2.2.3 Секвенирование ДНК 58
2.2.4 Opa-типирование 58
2.2.5 NG-MAST 59
2.2.6 Статистический анализ данных 59
3 Результаты исследования 61
3.1 Разработка методики мультилокусного VNTR-анализа 61
3.1.1 Поиск потенциальных VNTR-локусов в геноме N. gonorrhoeae 61
3.1.2 Тестирование VNTR-локусов на коллекции ДНК N. gonorrhoeae 62
3.1.3 Расположение VNTR-локусов в геноме N. gonorrhoeae относительно кодирующих последовательностей 64
3.2 Изучение генетического разнообразия изолятов N. gonorrhoeae, выделенных в городе
Алматы (Казахстан) 68
3.2.1 Мультилокусный VNTR-анализ изолятов N. gonorrhoeae 68
3.2.2 Opa-типирование и NG-MAST 70
3.2.3 Сравнение методов типирования 73
3.3 Изучение генетического разнообразия изолятов N. gonorrhoeae, выделенных в семи
городах России 75
3.3.1 Мультилокусный VNTR анализ изолятов N. gonorrhoeae 75
3.3.2 Кластерный анализ 81
3.3.3 Результаты VNTR-анализа и устойчивость к антибиотикам 83
3.3.4 Сравнение методов типирования на выборке из 102 изолятов 86
4 Обсуждение результатов 88
Выводы 97
Список сокращений и условных обозначений 98
Список литературы 99
